投稿

2013の投稿を表示しています

よいお年を...

実家に帰って修論頑張ってきます。

本も2冊もって帰るので、読み切れると良いなぁ。。


そういえば我苦心の結果を書いておりませんでしたが、
無事面接免除で内定を頂けました。

本当にありがたやありがたや。

(これ書くと、ブログの内容的に絞れてしまいそうですが...^_^;;


という訳で来年も頑張ります!



macでeject

ejectコマンドが存在しない!

と思ったら
drutil にejectがありました。


\ drutil eject

で無事CDが取り出せました。

いつか勉強会でejectネタでもやってみようかしらー。

ちなみにdrutilはDiscRecording ほにゃららから来ているそうで、
CD/DVDに焼いたりするときにも使えるコマンドらしい。

複数デバイスが存在するときは
drutil list
で確認してから-driveオプションで指定してあげれば良いそうです。


latexを作るのに便利なようにPNGファイルをEPSに一括変換

ディレクトリ内にあるpngファイルをepsファイルに変換するのに、
シェルスクリプトを書きたかったのですが、
ファイル名をとってきたあとに拡張子の部分を削除するのがよくわかりませんでした。

http://www.kishiro.com/FreeBSD/get_filename_in_shellscript.html


そこでこちらを参考に。
正規表現苦手。

ls | head -n 1 |
while read file; do if [ "${file##*.}" == "png" ]; then
convert ${file} ${file%.*}.eps
fi done



ファイルの拡張子がpngだった場合、
同名のepsファイルにconvertするスクリプトです。


追記:
この方がスマート!
http://rakkyoo.net/?p=1223

objdump

mac OSでobjdumpを試してみようと思ったら、portでもbrewでも見つからない。

ググってみたところ

binutilsというtool群に含まれているらしい。

http://d.hatena.ne.jp/amachang/20080401/1207027290


gobjdump -d 実行ファイル

で逆アセンブルができました。

umum.

アクセス

記事ごとのビューが見れることに気付いたのですが、

圧倒的にsublime textの印刷ページが(笑)


googleする方が多いんでしょうか。




そろそろ12月になってしまいそうで、焦っています。
修論きちんと書けますように〜!!





最近screenコマンドにまた挑戦しまして、
とりあえずデフォルトのエスケープをctrl+Lにしたら結構快適に使えています。

あとはscreenrc的なものでもう少しカスタマイズしてみたいです。


何か面白い発見があったらまたブログにメモります( ー`дー´)キリッ

BibTexでet alを斜体にする

\citep{}なんかでBibTexデータを参照すると、
et alは斜体になりません。

それを変えるには、スタイルファイルに自分で変更を加えて
それを読み込むようにするようです。


http://www.latex-community.org/forum/viewtopic.php?f=19&t=14338


でもet al自体は斜体でも そうでなくても構わないらしいので、
面倒ですし修士論文はそのままの体裁で行こうと思いました。まる。

もし斜体にしたくなったときのためのメモc⌒っ゚д゚)っφ メモメモ...



追記:
http://ichiro-maruta.blogspot.jp/2013/03/latex.html
ここを参考に、
クラスファイルをreportからscrreprtにしました。

こっちの方が余白もちょうどよくてきれいですね。

最初はpathを通そうとがんばっていたんですが、
texliveをアップデートしたらデフォルトで入っていました。

たのしいたのしい

Unityで今日現実逃避にガリガリと
ゲームを作ってみました。


GUIでいじれるのと、ちょっと複雑なシステムはスクリプトで書けてしまうので
簡単に形になってしまいます。

基本的なObjectとか物理エンジンはそのままライブラリのような形(Component?)で使えるし。


オリジナルのObjectなんかを追加しようとするときっと難しくなるんだろうけど。



とりあえず公式のサンプル作成チュートリの続きを早く公開していただきたいです。

cronに挑戦

お久し振りです。

最近は学会がたくさんあり、あまり研究をしている暇がありませんでした。。

という訳でPCにもあまり触る暇がなく。

今日はTwitterでちらっと見かけたcronに挑戦してみました(当方mac
サーバーなどであるコマンドを毎日、毎時間など定期的に行わせたいときに有効な手法のようです。
atなら時間指定はできますが、定期的な実行には向いていなかったような気がするので。




crontab -u username -eで編集crontab -u username -lで確認内部にコマンドを実行した結果の出力mailが届く
という流れでした。意外と簡単。 (sudoをつけるのは忘れない様に)

編集するファイルの中身は #コメント 分 時 日 月 曜日 コマンド(絶対パス)
で例えば 1 1 1 1 * /bin/ls
とやると1月1日1時1分にlsを走らせるといった感じ。

中身が肥大化して重要な作業をやらせるようになると 間違えて-rで消してしまうといった深刻な事態に陥るそうなので、 /etc/以下のファイルを直接編集するなど別の手段で編集した方が良さそう。

ただ今のところ使い道がないので、試しただけです。 何かないかな〜。








発表近付く

ヤバいです。

ピンチです。


\(^o^)/

うしのひ

うなぎのたれが大好きなので
既にたれだけ買ってあります。

今日はご飯にかけて食べようかな(笑)

texでちょっと変わった文字を書くとき

よく使われているちょっと変わった文字の出し方がわかりました。

\calとな。
ふむふむ。

http://www002.upp.so-net.ne.jp/latex/font_function.html

コードの印刷

イメージ
Sublime text 2からコードを印刷しようと思ったらできない!


と思いましたら、HTMLなんかに変換してくれるパッケージがあるので入れてみました。
SublimeHighlight
(基本的にcmd+shift+Pで出てくるウィンドウに打ち込んで行きます)


まずAdd repositoryで⬆のgitのレポジトリを追加すると Package Installで候補にでてきます。 (なぜか名前がHighlightになっていたのでなかなか見つかりませんでした;;;)

そこでそのままインストールをすると view HTML や creat HTML なんかができるようになります。
こんな感じ。
なるほど。



あとはprint-to-HTMLなんかもあるらしいですが、 ひとまずこれで印刷してみましたー


追記:適当にコンパイルとおらないコードをサンプルに置いていたので、書き換えました f(^^;

晩ご飯なににしよう

目が疲れたので休憩です。

Genome research
Arboretum: Reconstruction and analysis of the evolutionary history of condition-specific transcriptional modules


読みました。
進化系統樹とストレス環境下の遺伝子の発現量のデータを利用して
混合ガウス分布を元に隠れ変数である各module (それぞれの機能に関わっている遺伝子グループの単位みたいな)を推測する話でした。
EMでパラメータフィッティングしています。


木の上での遺伝子のmodule間の遷移を確率的に考え、
パラメータから保存されているmoduleなどを抽出したり。


「既存手法よりすべてにおいて上回っている」という文章が
どこを指すのかわかりませんでした(笑)

gene duplicationが起きるとmodule内での多様性が増すといった考察。


木と発現量を入れたらあとはgene networkのデータなんかも織り込めないんでしょうかね。

phenotypeとgenotypeを見ようとしたら結局こんな感じのmethodが必要になる気がしています。


C++ -> Javascript

Emscripten で C++ の Hello World を JavaScript に変換してみた

Crazyや!!\(^o^)/

今度やってみよー

Pythonで

1行ずつよみこむのは

for line in f:     ... for line in open(file):     ... with open(file) as f:     for line in f:
...
だのありますが、

二行ずつ読み込むってできないのかな。

一行目に名前、二行目に内容って感じでファイル出力してたんだけど
ググってもひっかからないし。


しょうがないのでflag一個用意して
一行目のが一致したら次の行のデータを関数に投げる形にしましたよっと。

簡単に書けないもんだろうか。



...zzZ...zzZ

なぜだかすごく
ねむいです。


今日は早めに帰ろうかな。


確率論なう。
σ-加法性が重要であることはわかりました。

マルチンゲール性がさっぱりわからないのですが。

数式がわからないとかじゃなく
説明文がまったく理解不能。

別の本でマルチンの説明のところまで
頑張っていきつこうと思います。


むむむむ。




夏に研究分野の大御所の方々の合宿があるそうです。
若者はいるのかしら。
おいしいご飯は楽しみだけど、頭がよろしくないのでついていけるか
不安ですばい。



cmathちゃん

以外とライブラリ(とか定数とか)
覚えてないものです。


hypotを使おうと思ったんですが、なんかいろいろバージョンによって違うとか
あるみたい?

よくわからない...




http://hooktail.org/computer/index.php?C%B8%C0%B8%EC%A4%CE%BF%F4%B3%D8%B4%D8%BF%F4


これからは桁落ちに注意を払ったプログラミングが必要になるんで、
ぴんち。

任意精度計算ぴんち。

Wao!

新しいファイルのみを移動します!


ls -t | head -n 1 | while read file; do mv "$file" targetdir/; done


今まで
こういうの必要としたことがなかったですわ...

雨がざあざあ降ってきて

6月です。

私はいつになったら論文を書けるのでしょうか。
終わりそうにないばい。


新しい実装もしなくてはいけないようだし、

大丈夫なのか。


すべては私の研究遂行能力の低さゆえ。




優秀な人みたいに早く論文を出すのは諦めているんで

せめて修士中に出せたら...いいな。みたいな。



そして今日も論文紹介のスライドを作るのでした。




女子力の低下著しい。

どうして情報系に女子は少ないのか

徹底討論。

朝まで生TV。


という訳で、情報系になぜ女子が少ないのか


情報系の♀の立場から考えてみたいと思います。




理由:パソコン


女性にはパソコン苦手な人が多いイメージがあります。
最近MBAとか薄型PCのおかげでだいぶパソコン=ダサい感は薄れてきましたが
それでもパソコンは荷物になります。
入れるカバンに困ります。



サマンサタ○サとかは大きいのでまだいいですが
コー○なんかのカバンにはとてもじゃないですが入りません...


パソコンケースやパソコン用Bagも激しくダサい。
しょうがないので私はリュックかA4サイズも入るぽーたーのかばんに入れて
いつも持ち歩いています。


という訳でiPhoneやタブレットなんかでプログラミングがもっと手軽にできるようになったら流行るかもしれない。




ねっとさーふぃんしていたらこんな記事を見つけました。

「女性は周りの人を喜ばせたいと思う」
http://ytsunetsune.tumblr.com/post/9039070182

どうなんだろう?世界平和とかかっこいいと思うけども。



関係ない話ですが。
世界初のプログラマはなんと女性だったそうです。
(参考:http://www.apec.aichi-c.ed.jp/project/joho/H11/jissyuu/koneta/koneta/hatupro.htm



個人的には
プログラミング上手くは書けないけどやるのは面白いです。





申請書

我苦心(がくしん)というもの、みなさん書いておられますか。

私はいま真っ最中です。
提出日前日に予定が入っているので早めに終わらせないといけません。。


埋めるには埋めたんですが、

抽象的すぎる

よくわからない

と言うご指摘を受け、今基本的な説明文やらなんやらを追加しているところです。

字が多すぎると読んでもらえないだろうから、もう一個ぽんち絵さんを足そうかなと思います。


これに通ってもらえないと、博士からの生活厳しいので...

生活費だけならなんとかなっても、学費と家賃考えたら厳しいでよねうぉぉぉ
頑張ります。





自己PRとか書いてるとなんで研究者になりたいんだっていう問いと向き合わなければならないわけですが
私の家は先生家庭で
本に囲まれて育ったので学者さんというのはもともと身近な職業だったんですよね。


ただ内容は哲学とか文系のものだったんで、読んだことはなかったんですが。
(今でもアリストテレスの本ぐらいしか読んだことない)

分野も微妙にばらけているのでテレビでクイズ番組やってるとだいたい誰かが答えてるみたいな感じでした。



でも教師は塾のバイトで向いていないと実感しました。
感覚的に説明してしまう(擬音とか多数で)ので生徒からは「わかるときはわかりやすい」って言われてしまいました(笑)



研究みたいに一つのことに真摯に取り組むことって
中学生まではあまり得意ではなくて、
その点は高校で見本になってくれた周りの人たちに感謝だなと。


教師が無理で、研究も無理で、血が苦手だからお医者さんも無理で(幼稚園のときの将来の夢)
そしたらいまごろ何を目指してたんだろうと思う今日この頃。




もし今の夢を目指していなかったら、みなさんの夢はなんでしたか。













概収束と確率収束

すぐわからなくなるんですが

こちらを参照。

http://d.hatena.ne.jp/jeneshicc/20091017/1255769642


きゃーすてき!



そして
確率過程の本を雨に濡らしました。

特に収穫がない日

クレメールラオの不等式とか

調べていて

情報幾何について勉強したいと思いました。


来学期は測度論の授業にもぐってみようかなと思ってます。

ついていけるかな〜

RRRRR

debug()関数とlocator()を使ってみたいと思いました。


あとrgl.snapshot()って知らなかった...!
rglで3次元化したものをバッチで画像ファイルに落とせるんですねぇ。
これ知ってたら以前の研究でもうちょっと図が楽に出せたのに。

サーチ能力をもう少し鍛えないといけませんね。
うぇ。

macの特殊記号

なんでこんな変なマークなんだ!
文字で書けっ

と思ってましたが、
由来を発見しました。

http://penguinlab.jp/blog/post/2035


これで少しは覚えやすくなるかな...

ヒートマップググラー

イメージ
あるプログラム言語で最も使用されているキーがよくわかるヒートマップ

http://dailynewsagency.com/2011/09/09/most-pressed-keys-and-programming-syntaxes/


ヒートマップの検索をしていたら、別のものが引っかかってきました。
面白いですね。
やっぱりeの頻度って多いんだーとホームズの踊る人形を思い出しました。




そしてそして

numpy
pylab

あたりの導入完了しました!


Rよりグラフィックが綺麗かもしれない。。。


しれない。。。


試しに出してみた図を一部キャプションしてみました。
かっこいい...かもしれない。。。

なんたって、
colorbar(orientation='horizontal')
でカラーバーが出せてしまうので、わかりやすいですね。
python自体がちょっと直感的でないところがあるので、そこは少しつまづきましたが。
リストの扱いとか特に。
(deepcopyを忘れてぜんぶ参照で同じ値になってたりとか)



文字列処理はRよりだいぶ速い気がしますね。
あとfor文回すのも圧倒的に速い。
figureをたくさん作るのは遅い(らしい)。

SciPyを使おう!

まだインストールはできてませんが...\(^o^)/

NumPyはいけたんですけど SciPyはswigのエラーて言われて
困ってportをあぷでしようとしたら selfupdate失敗! 困ってぐぐったらこちらがひっかかりました。

http://adhock.sakura.ne.jp/misyobun/?p=471
ひとまずupdateはなんとかなりそうですけど、 SciPyはいるかなぁ。


追記)
導入成功しました!
こちらの方が少しは速いかな...
文字列処理しながらデータ出力をしてみたかったので、
試してみます!

RNA-seqで発現量の異なる遺伝子の比較

A comparison of methods for differential expression analysis of RNA-seq data
C Soneson and M. Delorenzi.

BMC Bininformatics.


・DESeq
・edgeR
・NBPSeq
・TSPM
・baySeq
・EBSeq
・NOISeq
・SAMseq
・ShrinkSeq
・limma
・voom(+limma)
・vst(+limma)

こんなにあるのか...

へび年でござる

pythonでパースしてました.


print "%d %d", % ( a, b)  #,が最後に改行を出力しないという意味

readline() : 改行も読み込む.改行を削除するにはrstrip関数を.


うーん,まだまだですなぁ


メタゲノムの新境地

Microbial oceanography: Killers of the winners
http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature11951.html

SAR11のグループのウィルスが海洋中,またおそらく地球上においてもっとも豊富なウィルスであることがわかった話.

16S rRNAの配列を読むようになり,培養できないウィルスも調べることができるようになった.

"Determining whether SAR11 is a defence specialist or a superior competitor is important."
というわけで,なぜそのように競争に打ち勝っているのかは謎.

だそうです.

シーソー

‘See-saw’ expression of microRNA-198 and FSTL1 from a single transcript in wound healing

http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature11890.html


ふだん -> FSTL1の3'UTRからmiR-198が発現
怪我する -> miR-198が抑制,FSTL1が発現

FSTL1はホルモンにbindするようなfollistatin proteinに似たもの.
Follistatinはどの組織でも発現しているようなハウスキーピングのような遺伝子らしい.

オプションを整える

デバッグがいろいろなパターンを必要とするようになってきたので,
オプションでパラメータを指定するように書き換えました.


こちらを参考に

http://www.fireproject.jp/feature/c-language/basic-library/getopt_long.html


boostのライブラリーでも良かったんですけど,ソフトウェアとして公開するならわざわざboost入れてもらうのはちょっと不便ですよね.

なんでgetopt_longで基本的に済ませました.



struct optionが名前と引数を持つかどうかとフラッグ,valをそれぞれ持っていてこれに対してオプションを調べていく.


当てはまるものがあったら0か1が返るので

switch文で分岐してopt_indexに代入されているindexのoptionに対してする動作をちょこちょこするという感じ.

一文字で書けるオプションはgetopt_longの返り値自体にそのcharの値が入っているのでこれもswitch文で分岐.


一文字のオプションが値を取るとき:, 取っても取らなくてもいいとき::が指定できるんですが

-c 10

のような形でスペースを入れてオプション指定すると::指定では値が読み取れない模様.


とりあえず形は完成!( ^ω^ )

一段落

バグ訂正が一段落したので
論文を読みあさるなうです.

Dropboxに未読の論文がたまっていけませんねぇ┐(´д`)┌ヤレヤレ



Genetics: A social rearrangement
Andrew F. G. Bourke& Judith E. Mank

先週のNature
今読んでます.

一匹の女王しか認めないアリと複数の女王を持つアリ
それぞれの違いが染色体の珍しいheteromorphicな染色体上に乗っている
遺伝子により引き起こされているというもの.
染色体はX, Y染色体のような形態らしい.


アリなど昆虫のゲノムっていうのは面白そうで興味があります.

他にも読むものいっぱいなんでとりあえず今夜中に片を付ける...!!!!!


JavaScriptの勉強は地味に続いてます.
地味に,ですけど.

Bibtexの導入

しなきゃなぁと思いながらしていなかったので,
導入しました.

MendeleyからWordへの挿入は
Mendeley -> Tools -> Install MS Word Plugin
を選択しておけば,ドラッグ&ドロップで可能になりました.

お手軽!

ReferenceのタイプはWordの方のWindowで変更が可能でした.




本題のBibtexの方ですが


まずMendeleyの方の設定で,
Bibtexをファイルごとにsyncさせることにしました.
これで作りたいReferenceを別ファイルに登録するだけで,
必要なReference用のBibtexが勝手にできる!

(syncが重いかどうかはこれから使ってみて考えます)



Texの方は
今MacのLionを使っていましてTexshopで書いています.
なのでTexshopでBibtexを使えるようにしようと思い,↓を参考にさせていただきました.


http://blog.cyclogy.com/2010/12/20/texshop/


と思ったら


\usepackage{natbib}
\bibliographystyle{aer}

を頭(プリアンプル!この単語覚えられませんわ)に入れて


\cite{なまえ} \bibliography{読み込むbibファイル}

を本文に入れて,

Texshop -> Typesetの BibtexとLatexを順番に実行したらできました.

....簡単.

JavaScriptの勉強をしようかな

メモ:
JavaScriptはNetscape社によるもの
祖先はc言語
元々はLiveScriptという名前


そういえば
明けましておめでとうございます.

今年は論文を出せるように頑張ります!

いきなりバグでつまづいているんですけど...



プログラムのコンパイルをc++11でやるようにしたので,
これからは少しは記法を取り入れていきたいと思う所存です.

けいぐ.