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なのでOSをmojamojamojaveにあげました。 いろいろなソフトはいまのところわりと動いてくれていますが、BetterTouchTools, Karabiner, Dvorakが死にました。 BetterTouchToolsの問題 アクセシビリティの承認を一度外してから起動して、オーサライズを求められたらまたチェックを入れたら無事動いた。 Karabinerの問題 再インストール。 Dvorak用ローマ字テーブルの編集 https://discussionsjapan.apple.com/thread/110199833 /System/Library/Input\ Methods/JapaneseIM.app/Contents/PlugIns/JapaneseIM.appex/Contents/Resources/RomajiRule_Kotoeri.txt をsudo状態で直して、以下のコマンドをシェルでうつ。 defaults write com.apple.inputmethod.Kotoeri UseKotoeriRomajiRule -bool true && killall JapaneseIM

このポストがネ申（＞人＜） http://pj.freefaculty.org/blog/?p=315 環境変数の設定を忘れなければ通るはず...！ 追記：あとこれ！ http://matrafox.info/problem-with-ffmpeg-usrlocalliblibbz2-a-could-not-read-symbols-bad-value.html

anacondaとbrewで入れたxml2-configの衝突が原因らしい。 http://www.perfectlyrandom.org/2015/12/13/install-xml2-r-package-on-macos/ ということで、いろいろ試したけどどうしても動かず... /usr/localのパスを一番にしても which xml2-configを調べるとanacondaの方にリンクされて、 「なぜ...？？？」 となっていたら、.zshrcの中でanaconda環境をアクチベートしていたので 毎回anacondaのパスが一番先頭にきていたのでした。 activateしていない状態でインストールしたら、無事成功v(´∀｀*v)ﾋﾟｰｽ

Dvorak対応（caでかに変換とか）は /Systems/Library/Input Methods/JapaneseIM.app/Contents/PlugIns/JapaneseIM.appex/Contents/Resources/RomajiRule_Kotoeri.txt の書き換えではできなくなってしまったらしい。。 別のソフトを入れるか、とりあえずGoogle IMEを入れる。 改悪だなぁ...

Rのobjects()みたいな関数が欲しいと思ったんだけど、 ググり方が悪かったのかなかなか見つからなかった。 https://stackoverflow.com/questions/4458701/how-to-get-the-list-of-all-initialized-objects-and-function-definitions-alive-in 最終的にlocals, globalsでなんとかなりそう。 gcはオブジェクトのメンバー変数なんかまで調べるのに適していそうな気配。

Hyper-vでArchを入れましたが、外部スイッチはちゃんと設定しているはずなのに pingがうまくいかない問題。 ip addr で誰がいるか確認をして、 sudo ip link set eth_hoge up として念のためupにさせて、 最終的に dhcpcd eth_hoge としてあげたらpingが通るようになりました。 dhcpのためのclientが自動で動いていなかった、という理解でいいと思われる。 これで無事デスクトップ環境をいれることができそう。

GNUは-r オプションでそれを防げるが、 BSD版ではそれが標準ではついてない。 https://stackoverflow.com/questions/17402345/ignore-empty-results-for-xargs-in-mac-os-x ...かなしい。。

アカウントを作ってAPIとデータストリームトークンを発行したら、 ここにあるように~/.plotly/.credentialsに書き加えておく。 https://plot.ly/python/getting-started/ このテストを動かしてみたところ、無事ブラウザから見られた。 https://plot.ly/python/network-graphs/ しかし、やっぱりWeb経由してplotlyのサーバーで図になる、なんてちゃんちゃらめんどうだ。 plotlyのサービスを初見で「めんどくさそうだな」と思った記憶があるけれど、 やっぱり面倒だ。 pythonでネットワークの絵が描きやすいpackage募集。

factorがduplicatedしてるよと以下のように怒られるエラー。 (Error in levels <- ... factor level is duplicated Calls: ... fortify.enrichResult -> fortify.internal -> factor) 遺伝子セットは完璧にuniqueになっているのに、どうしても消えない。 ソースコードをみると、fortify-internalでDescriptionをfactor化しているときにエラーが入っている模様。 issueにあったけど解決してないようなので（すごい対応だなと笑った）、 https://github.com/GuangchuangYu/clusterProfiler/issues/116 無理やりEnrichの結果からDescrpitionが重複しているものをresultから除く処理を入れたよ。 https://gist.github.com/carushi/cc82d623af80d633539022aabbc32d2a

pandasで読むとき with codecs.open(bfile, "r", "UTF-8", "ignore") as file:     df2 = pd.read_table(bfile, delimiter=",") pandasで書くとき（Excelが読んでくれるようにBOMつきで） df2.to_csv(ofile, encoding='utf-8-sig')

日常的に使うようになって1年ぐらい経ったのでいい加減ショートカットを覚える気になりました。 とりあえず使えそうなのは alt 上下 チャンネル移動 cmd shift [ or ]　ワークスペース移動 cmd 1,2, 同じくワークスペース移動 cmd k スイッチャー用のウィンドウ開く cmd shift k DM cmd / ショートカットのヘルプ表示 上下　メッセージ移動 cmd ,  preference shift enter 新しいメッセージを入力 あとはスラッシュコマンドの中で使えそうなもの /shrug かわいい /remind つかったことない /away 離席中にする /active アクティブにする https://get.slack.help/hc/ja/articles/201259356-スラッシュコマンド この辺りは使えるようになろう(　´∀｀)bｸﾞｯ! しかしslackは練習するのが怖いな...練習用ワークスペースが必要... あとひょんなことからtmuxのpaneのswapのショートカットを見つけた https://superuser.com/questions/879190/how-does-one-swap-two-panes-in-tmux べんり。

FreeBSDと迷ったけど、linux環境が欲しかったのでHyper-vでArchを入れた。 Ryzen + NVIDIAのTitan 1080 tiというイケてるデスクトップを手に入れたので、環境構築中です。 前回のブログのリンクは切れているものが多かったので、また新しくググり直し。 （Archは変化が早いので大変。。） 1. コントロールパネルからHyper-v を有効にする プログラム -> Windowsの機能の有効化または無効化 -> Hyper-v このとき、仮想化できない場合はBIOSから以下の設定が必要。 2. CPUの仮想化を有効にする BIOS画面からCPU configuration -> SVM Mode Enabledで完了 3. ネットワークをつなぐ 仮想スイッチを外部ネットワークでつくる 4. ISOからArch linux を起動！ Partitionの例　 https://wiki.archlinux.org/index.php/Partitioning#Discrete_partitions fdiskでつくるのはむずい  https://www.tldp.org/HOWTO/Partition/fdisk_partitioning.html Partitionをcfdiskでやる https://www.ostechnix.com/install-arch-linux-latest-version/ 設定参考 https://netfxharmonics.com/2015/02/archsetup 3番目にならってext4でやりました。UEFI/GPT example layoutだとbootのパーティションわけるんですな。メモリがめちゃくちゃでかいサイズあるので果たしてメモリ分割がこれで適切なのかはまったくわかっていない。 5. GUI インストール http://note.kurodigi.com/post-0-20/ xorg-serverはなくなったのだった... https://github.com/deadhead420/anarchy-linux/issues/319 6. なぜかうまくいかない ディスクがいっぱいでpacmanできない

RECLUのスクリプトがバグでtempファイルの衝突が起きて動いてくれないため、 bioconductorのCAGErのパッケージでデータを処理しようとしている。 getCTSSでのbamファイルの読み込み中に "Error in loadFUN" "trying to load regions beyond the boundaries of non-circular sequence "hoge"" というエラーが出て困った。 しかし、示されたhoge染色体のリードを抽出してみても、ゲノムサイズをはみ出ているものはなく。。 何度か試してみたところ、止まったり止まらなかったりすることがわかった。 一番メモリをくうブラウザを切って走らせてみたところ、 もっとも多くのファイルをエラーなく読み込めたことから、 メモリが足りないときにBSgenomeに対応するメモリが確保できないかなにかで このエラーが出ているのではないかと推測しました。 とりあえずの解決策として、 全データの読み込みはあきらめて、replicateごとにデータを分割して読み込み ctssをファイルに出力する方式でいってみます。ʕ ◔ϖ◔ʔ

新年度です、本年もどうぞ宜しくお願いします（笑） 新年度第1発目のお仕事は報告書書きです。 今年から？またアメリカに修行に行くことになったので、 早く共同研究のデータのまとめにも入れるようにがんばります。 http://www.usupi.org/sysad/242.html シンボリックリンクはパスによる共有、 ハードリンクはinodeによる共有なので同種のファイルシステム内ということを理解した。 （シンボリックリンクがうまくいかなかったマンでしたが、 原因は結局他にあった）

'w'と'a'ぐらいしか使っていなかったので知らなかったが、 cのfopenと同じ仕様になっているらしい。 https://stackoverflow.com/questions/1466000/python-open-built-in-function-difference-between-modes-a-a-w-w-and-r そして当然のOS依存。

また渡米することが決まりました、まずは短期から。 英語は今の所属に移ってから聞き取りとちょっとした質問はできるようになってきましたが、やっぱりしゃべりがさっぱりうまくならないので、この前オンライン英会話を始めてみました。 http://eikaiwa.kakaku.com/online_english/ DMM英会話 まず、DMM英会話に登録して2回無料レッスンをしてみました。 フィリピンやセルビアの人が多く、また初心者も多いようで レッスンは終始和やかでした。 UIがわかりやすいけれど、人気講師はすぐ埋まってしまうので予約が大変という口コミも見たので、どこまでよい人にあたれるかは不明？ レアジョブ 始めにレッスンを一回受けて、カウンセリング後にもう一回体験できる。 価格.com経由だと7回無料レッスンが受けられるんですが、 カウンセリングメールを無視していたらしばらく後に無料レッスン追加が届きましたー。 ビジネスメインなので雰囲気はかためな分、しゃべったときの文法の間違いはしっかり訂正してくれたり、 TOEFLでよくある「これに対して賛成・反対意見を述べてください」みたいなトークの練習をさせてくれた。 とりあえずここまで。 他も受けたらおいおい追記します ʕ◔ϖ◔ʔ

"ValueError: Linkage 'Z' uses the same cluster more than once." は だいたいnanかinfエラー。おぼえましたﾟﾟ･✿ヾ╲(｡◕‿◕｡)╱✿･ﾟ:✲:

中身をよくわからずに使っているものベスト3に入るであろう pythonのmatplotlib。 （他はなんだろう、今はmatlabとpythonのpandasかな。） ArtistのAPIについて読むとちょっとわかるようになった気がする。 https://matplotlib.org/users/artists.html axオブジェクトの特殊なもの（当分割されたax）がadd_subplotであると書いてあってなるほど。 lineなどはaxオブジェクトがlistで持っている。 primitiveをいじりたくなったら、上のページから該当するオブジェクトの関数を叩けばよさそう。

昨年は、D論審査から始まり、とにかくいろいろな初めてがあった年でした。 研究者としてはいろいろな技術を身につけ、新しい環境・新しいコミュニティで、 新しいことに挑戦した年でした。 でも論文としてはいまだまとまっていないので、 今年は速攻で今のリバイス？を終えて、 たまってることもさくさく論文にして（＝できるような力を身につけて）、 挑戦した新しいことをちゃんと結果に残して、 お世話になっているいろいろな人にも恩返しがしたいし、 もっともっといろいろなことに挑戦して、 いいサイエンスがしたーーーーーーい！！！ﾟﾟ･✿ヾ╲(｡◕‿◕｡)╱✿･ﾟ:✲: がんばります！！！ 効率的な実験環境も構築したいところ！！！ ところでWindowsのアップデートするたんびにdvorak用に設定したレジストリが初期化されるんだけど、あれなんとかならんかね。。 いちいち直すのめんどくさいよ〜(´・ω・｀)