晩ご飯なににしよう
目が疲れたので休憩です。
Genome research
Arboretum: Reconstruction and analysis of the evolutionary history of condition-specific transcriptional modules
読みました。
進化系統樹とストレス環境下の遺伝子の発現量のデータを利用して
混合ガウス分布を元に隠れ変数である各module (それぞれの機能に関わっている遺伝子グループの単位みたいな)を推測する話でした。
EMでパラメータフィッティングしています。
木の上での遺伝子のmodule間の遷移を確率的に考え、
パラメータから保存されているmoduleなどを抽出したり。
「既存手法よりすべてにおいて上回っている」という文章が
どこを指すのかわかりませんでした(笑)
gene duplicationが起きるとmodule内での多様性が増すといった考察。
木と発現量を入れたらあとはgene networkのデータなんかも織り込めないんでしょうかね。
phenotypeとgenotypeを見ようとしたら結局こんな感じのmethodが必要になる気がしています。
Genome research
Arboretum: Reconstruction and analysis of the evolutionary history of condition-specific transcriptional modules
読みました。
進化系統樹とストレス環境下の遺伝子の発現量のデータを利用して
混合ガウス分布を元に隠れ変数である各module (それぞれの機能に関わっている遺伝子グループの単位みたいな)を推測する話でした。
EMでパラメータフィッティングしています。
木の上での遺伝子のmodule間の遷移を確率的に考え、
パラメータから保存されているmoduleなどを抽出したり。
「既存手法よりすべてにおいて上回っている」という文章が
どこを指すのかわかりませんでした(笑)
gene duplicationが起きるとmodule内での多様性が増すといった考察。
木と発現量を入れたらあとはgene networkのデータなんかも織り込めないんでしょうかね。
phenotypeとgenotypeを見ようとしたら結局こんな感じのmethodが必要になる気がしています。
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