晩ご飯なににしよう

目が疲れたので休憩です。

Genome research
Arboretum: Reconstruction and analysis of the evolutionary history of condition-specific transcriptional modules


読みました。
進化系統樹とストレス環境下の遺伝子の発現量のデータを利用して
混合ガウス分布を元に隠れ変数である各module (それぞれの機能に関わっている遺伝子グループの単位みたいな)を推測する話でした。
EMでパラメータフィッティングしています。


木の上での遺伝子のmodule間の遷移を確率的に考え、
パラメータから保存されているmoduleなどを抽出したり。


「既存手法よりすべてにおいて上回っている」という文章が
どこを指すのかわかりませんでした(笑)

gene duplicationが起きるとmodule内での多様性が増すといった考察。


木と発現量を入れたらあとはgene networkのデータなんかも織り込めないんでしょうかね。

phenotypeとgenotypeを見ようとしたら結局こんな感じのmethodが必要になる気がしています。


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