投稿

7月, 2016の投稿を表示しています

KEGG enrichmentをしようと

ここの再現をしようとしている。 参照: https://github.com/dgrapov/TeachingDemos/blob/master/Demos/Pathway%20Analysis/KEGG%20Pathway%20Enrichment.md KEGGRESTのインストールの際に 依存するpngパッケージのインストールで image not found でpng.soがないと言われてコケた。 sourceを直接インストールしてもうまくいかず、 Mavericks向けのバイナリーを入れてやっと動いた。

readthedocs始めた

NGS関連や機械学習関連のtipsを、 自分の環境でMarkdownでまとめてうまくネット上にあげられないかな〜と思ったので、 始めてみました。 readthedocsはNGSのツールのwikiなんかでよく見てたんですが、 sphinxベースとは知らなかった。 https://github.com/carushi/resource http://lambda-tips.readthedocs.io/en/latest/ よくあるMarkdownとは若干形式が違うんですが、 rst形式で書いたものをpythonベースのsphinxがhtml形式に直してくれます。 便利(๑´ڡ`๑)