投稿

matplotlib.pyplot問題

pyplotでpyqt v5ではなくpyqt v4が呼び出されてしまう問題が発生した。
https://github.com/ContinuumIO/anaconda-issues/issues/1068


matplot.use("qt5agg")
になっていたし、rcParamsもv5になっていた。
念のためmatplotlibrcも見に行ったが、qt5aggになっていた。


しょうがないので、Pyqt5から読み込まれているQtCore, QtGui, QtWidgetsを手動で読み込んだところ
「libGL.soがないよ!」
というエラーが出たので、それをapt-getしたら解決した。


というわけで悲しみのストック(´;ω;`)


追記:
描画しようとしたら、できないことが判明した。
結局ここにしたがってx11を入れて、DISPLAY変数を設定して、nomklをインストールした。
http://qiita.com/toyolab/items/bccd03d4cb7795112ab6

さらに
import matplotlib
matplotlib.use("agg")
を設定することで無事動くようになった。
(matplotlibrcに設定してもok)


追記:
bash on windowsでのopencv問題。
ライブラリのリンクエラーらしいので、execstackというコマンドを使うことで解決。
http://tatsuya-y.hatenablog.com/entry/2016/08/29/183331

快適なBash on windows

やったことDvorakJを入れた。cをkに勝手に変えてくれるので、日本語入力もらくらく。Bash on windowsを入れた。Go入れた。Anacondaを入れた。VScode入れた(+Vim plugin)。コンソールのエミュレータとしてConEmuを入れた。フォントがいい。


注意点

Windows側のデータは/mnt/cから見に行けるホスト名が解決されずだるいので、/etc/hostsに追加するhttp://qiita.com/yuki764/items/55c02cc9ce0f4e89ffffWindows側で自動でマウントされている外付けHDDはマウント必須らしいhttps://teratail.com/questions/44684そもそもマウントもできない?http://stackoverflow.com/questions/38921079/external-hdd-on-bash-on-ubuntu-on-windows仕方がないので、aliasのコマンドでもなにか用意する。apt-getでgoを入れると1.6が入ってしまうので、最新版が入っているレポジトリを使う。https://github.com/golang/go/wiki/Ubuntuでもpecoは動かなせかった。。(Windowsでは普通にうごく)キーボードとの相性が悪くパイプが消えてしまったので、DvorakJの設定ファイルを書き換えた(@@@でパイプが入力される)ConEmuで、bash on Windows起動中に方向キーがきかない問題はこちらでなおった、ありがとうございます。http://techlearn.hatenablog.com/entry/2016/09/04/162008
随時記載。


あと、macの方でエディターをついにAtomに乗り換えたけども、
複数カーソルができなくて不便だなと思ってた。
調べてみたらCtrl+クリックで一応できるらしい(それでもSublimeの方が便利だと思うけど)
https://www.webprofessional.jp/12-favorite-atom-tips-and-shortcuts-to-improve-your-workflow/
ついでに、Cmd+Shift+Dで複製ということも覚えた。地味にべんり。


dplyr初め

みなさまお久しぶりです。
所属が変わりましたが、元気ですよ。どうも。

周りにやばい人たちがたくさんいるので、
生き血をすすって私もつよいじんざいになりたいです。

tidyverseの中のdplyrを初めてみました。

%で挟む記法、便利そう!とは思っていましたがなかなか始めるタイミングなかったので
ちょっとした発表が終わってやる気ないし()やってみました。


そもそも Data と Plier を意識して、dplyrらしい。
そして読み方は好きに読めばいいらしい。↓以下issue
https://github.com/tidyverse/dplyr/issues/1857


参考サイトhttp://qiita.com/matsuou1/items/e995da273e3108e2338e


全然関係ないですが、Rにはdataという関数があるらしいので、
http://stackoverflow.com/questions/9986304/regarding-data-function-in-r
いつもdataとかallとかaとかに読んだデータを入れていたけど、やめたほうがよさそうだ。
そういえばallも関数ありますね...もうtempしかない?


最後の苦しみ

発表が無事終わったので論文直すぞー!


classicthesisだとなぜか"Figure 1.:"みたいになっていたので困っていたけど、以下を参考にcaptionのセットアップをしたら直った。
ぐぐりにくくて困ったよ。。

参考:http://tex.stackexchange.com/questions/29181/figure-and-table-numbers-in-caption-are-terminated-by-a-period-and-semicolon


あと、atomのPDF viewerは検索やページ移動がいまいちで困っている。
latexからの移動はできるんだけど、PDFで移動もしたいんだよなぁ。

Atomでlatex環境

latexmkを以下のように適切にセットしておけば、
http://konn-san.com/prog/why-not-latexmk.html

内部でscriptパッケージを使えば拡張子に応じて適切にコンパイルしてくれる!

でコンパイル結果のpdfを右のペインで開いておけば完璧。
ペイン移動はcmd+k cmd+n, 分割はcmd+k 方向キーで。
http://qiita.com/clngn/items/c04d827537cb51f72044

あと入れたのはlatex, language latexあたりを入れました。

これで怒涛のモデル構築が始まる...!!!(最終審査直前にして...!!!)

再現性なんてないさ(?)

イメージ
※この投稿は「今年読んだ一番好きな論文2016」 Advent calendarの12月21日の記事です。




(わざわざ手描きにしたのに結局著作権が危うい絵を描いている)

どうもこんにちは、博士論文(仮)を提出したばかりのぴちぴちのD3、@calicolicaliです。学生最後ということで、院生しか登録できないAdvent calendarに登録させていただきました! ʕ◔ϖ◔ʔ

 「統計について」という事前コメントをしましたが、 私の専門はアルゴリズム寄りのComputational Biologyで、これまではRNA二次構造予測ソフトウェアParasoRの開発や、配列アラインメントソフトウェアLASTの開発に関わらせていただいたりしてきました。(ご興味あればぜひ!)しかしこの分野では「網羅的な遺伝子データや配列情報を扱うためには統計や機械学習が必要!」ということで、日々これらの分野の勉強をしております。



 そんな私が紹介する、今年読んだ一番好きな論文はこちら(`・ω・´)つ


"Estimating the reproducibility of phychological science" Open Science Collaboration. Science 349.6251 (2015): aac4716.
去年の8月にサイエンス誌に投稿された論文ながら、Google scholarではすでに652本のサイテーションがなされています。



ざっくり解説   この論文は心理学の分野の3つのジャーナルに2008年に出た約100の実験的な相関解析に対して再実験を行い、どのような実験・結果であれば再現性が得られるのかということを調べた論文です。元論文の97%で有意なp値が得られていたものに対して、再現実験では有意とされたものは37%、95%信頼区間に入ったものが47%、元論文のデータと組み合わせても最終的に68%までしか有意性を確かめられなかった、という報告がなされました。
 この論文は発表後様々な研究者によって正当性を検証するコメントや論文がでており、そして、最近Natureなど大手の雑誌でも心理学に加えて生物学など様々な分野でのReproducibilityに関する記事が書かれ注目が集まっています。この論文はその流れを大きく加速させたといっても過言では…

jupytherにチャレンジ

前にチャレンジしたんですがpythonをあまり解析に使っていなかったのもあって挫折した

ipython notebook(jupyter)に再びチャレンジ!

(jupyterはipython notebookに独立した名前がついた最新版という認識でよさそう)
https://www.quora.com/What-is-the-difference-between-Jupyter-and-IPython-Notebook



基本的には
> conda install ipython-notebook
> conda install jupyter
でよいと思うんですが
インストールしたあと

> ipython notebook

とコマンドを入れると、
    ImportError: IPython.html requires pyzmq >= 13
とエラーが!pyzmqのバージョンは16なのに!

uninstallなど試してみたがうまくいかず、結局
>  ipython_mac.command

> jupyter notebook
でうまくいくことが判明した。
ipython notebookは古いのかなぁと思うので、とりあえず放置。

TODO
python2.x -> python3.xにできるか実データに試してみるgit管理がうまくできるか