投稿

最後の苦しみ

発表が無事終わったので論文直すぞー!


classicthesisだとなぜか"Figure 1.:"みたいになっていたので困っていたけど、以下を参考にcaptionのセットアップをしたら直った。
ぐぐりにくくて困ったよ。。

参考:http://tex.stackexchange.com/questions/29181/figure-and-table-numbers-in-caption-are-terminated-by-a-period-and-semicolon


あと、atomのPDF viewerは検索やページ移動がいまいちで困っている。
latexからの移動はできるんだけど、PDFで移動もしたいんだよなぁ。

Atomでlatex環境

latexmkを以下のように適切にセットしておけば、
http://konn-san.com/prog/why-not-latexmk.html

内部でscriptパッケージを使えば拡張子に応じて適切にコンパイルしてくれる!

でコンパイル結果のpdfを右のペインで開いておけば完璧。
ペイン移動はcmd+k cmd+n, 分割はcmd+k 方向キーで。
http://qiita.com/clngn/items/c04d827537cb51f72044

あと入れたのはlatex, language latexあたりを入れました。

これで怒涛のモデル構築が始まる...!!!(最終審査直前にして...!!!)

再現性なんてないさ(?)

イメージ
※この投稿は「今年読んだ一番好きな論文2016」 Advent calendarの12月21日の記事です。




(わざわざ手描きにしたのに結局著作権が危うい絵を描いている)

どうもこんにちは、博士論文(仮)を提出したばかりのぴちぴちのD3、@calicolicaliです。学生最後ということで、院生しか登録できないAdvent calendarに登録させていただきました! ʕ◔ϖ◔ʔ

 「統計について」という事前コメントをしましたが、 私の専門はアルゴリズム寄りのComputational Biologyで、これまではRNA二次構造予測ソフトウェアParasoRの開発や、配列アラインメントソフトウェアLASTの開発に関わらせていただいたりしてきました。(ご興味あればぜひ!)しかしこの分野では「網羅的な遺伝子データや配列情報を扱うためには統計や機械学習が必要!」ということで、日々これらの分野の勉強をしております。



 そんな私が紹介する、今年読んだ一番好きな論文はこちら(`・ω・´)つ


"Estimating the reproducibility of phychological science" Open Science Collaboration. Science 349.6251 (2015): aac4716.
去年の8月にサイエンス誌に投稿された論文ながら、Google scholarではすでに652本のサイテーションがなされています。



ざっくり解説
 この論文は心理学の分野の3つのジャーナルに2008年に出た約100の実験的な相関解析に対して再実験を行い、どのような実験・結果であれば再現性が得られるのかということを調べた論文です。元論文の97%で有意なp値が得られていたものに対して、再現実験では有意とされたものは37%、95%信頼区間に入ったものが47%、元論文のデータと組み合わせても最終的に68%までしか有意性を確かめられなかった、という報告がなされました。   この論文は発表後様々な研究者によって正当性を検証するコメントや論文がでており、そして、最近Natureなど大手の雑誌でも心理学に加えて生物学など様々な分野でのReproducibilityに関する記事が書かれ注目が集まっています。この論文はその流れを大きく加速させたといっても過言では…

jupytherにチャレンジ

前にチャレンジしたんですがpythonをあまり解析に使っていなかったのもあって挫折した

ipython notebook(jupyter)に再びチャレンジ!

(jupyterはipython notebookに独立した名前がついた最新版という認識でよさそう)
https://www.quora.com/What-is-the-difference-between-Jupyter-and-IPython-Notebook



基本的には
> conda install ipython-notebook
> conda install jupyter
でよいと思うんですが
インストールしたあと

> ipython notebook

とコマンドを入れると、
    ImportError: IPython.html requires pyzmq >= 13
とエラーが!pyzmqのバージョンは16なのに!

uninstallなど試してみたがうまくいかず、結局
>  ipython_mac.command

> jupyter notebook
でうまくいくことが判明した。
ipython notebookは古いのかなぁと思うので、とりあえず放置。

TODO
python2.x -> python3.xにできるか実データに試してみるgit管理がうまくできるか

shellのチェック

qsubでジョブを投げると、変数定義のところで


"Commond not found""ttyにアクセスができません"

とかでおった。
シェルもちゃんと定義してるのになんでだ?と思ったら

http://stackoverflow.com/questions/17271931/sge-command-not-found-undefined-variable

そういえば
#$ -S /bin/bash
とか定義しないといけなかった。
スクリプトを新規に書き出すと忘れていけませんね。



qsub中で

echo $0echo $SHELL

としたら案の定cshが走っていた。
cshだと

set hoge=hoge

とかしないといけないので、それは怒られますわヽ(`Д´#)ノ

oooooh

やばいよ〜

博論やばいよ〜〜

texをやっとコンパイルしたよ〜〜〜



jobs -lでプロセスIDが表示できることを知って、最近かなり幸せになった。

あとシェルスクリプトで変数をいじりまくるようになった。

markdown 環境のためにatomを入れた。



そして最近は健康を害しています。
あと少し頑張りますʕ ◔ϖ◔ʔ


HHK BT買った!

そしていきなり困ってる!


矢印キーの代わりのfn+[:"/が結構遠くてホームポジションに戻れないBSの位置が違うので消そうとして`を入力しちゃうスペースがでかすぎて右cmdが届かない
慣れれば解決すると信じる。。
あと時々CapsLockが押されるのはShift+fn+tabらしい。謎。 http://nort-wmli.blogspot.jp/2014/05/hhk-caps-lock.html

あとルートもってないmacでdvorak変換にするときルートがないとInput sourcesのRomaji_defaultかなんかの編集ができないca,ci,cu,ce,coをカキクケコに登録できない解決策見つからなかったのでことえりを諦め、Google IMEを導入することで解決