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High sierraにあげた

Dvorak対応(caでかに変換とか)は
/Systems/Library/Input Methods/JapaneseIM.app/Contents/PlugIns/JapaneseIM.appex/Contents/Resources/RomajiRule_Kotoeri.txt
の書き換えではできなくなってしまったらしい。。

別のソフトを入れるか、とりあえずGoogle IMEを入れる。

改悪だなぁ...

Pythonのオブジェクト一覧

Rのobjects()みたいな関数が欲しいと思ったんだけど、
ググり方が悪かったのかなかなか見つからなかった。

https://stackoverflow.com/questions/4458701/how-to-get-the-list-of-all-initialized-objects-and-function-definitions-alive-in

最終的にlocals, globalsでなんとかなりそう。
gcはオブジェクトのメンバー変数なんかまで調べるのに適していそうな気配。

Arch linuxのネットワーク問題

Hyper-vでArchを入れましたが、外部スイッチはちゃんと設定しているはずなのに
pingがうまくいかない問題。


ip addr
で誰がいるか確認をして、
sudo ip link set eth_hoge up
として念のためupにさせて、
最終的に
dhcpcd eth_hoge
としてあげたらpingが通るようになりました。
dhcpのためのclientが自動で動いていなかった、という理解でいいと思われる。

これで無事デスクトップ環境をいれることができそう。

macOSのxargsは空白行を無視する

GNUは-r オプションでそれを防げるが、
BSD版ではそれが標準ではついてない。

https://stackoverflow.com/questions/17402345/ignore-empty-results-for-xargs-in-mac-os-x


...かなしい。。

plotlyで図を描いた

アカウントを作ってAPIとデータストリームトークンを発行したら、
ここにあるように~/.plotly/.credentialsに書き加えておく。
https://plot.ly/python/getting-started/


このテストを動かしてみたところ、無事ブラウザから見られた。
https://plot.ly/python/network-graphs/


しかし、やっぱりWeb経由してplotlyのサーバーで図になる、なんてちゃんちゃらめんどうだ。
plotlyのサービスを初見で「めんどくさそうだな」と思った記憶があるけれど、
やっぱり面倒だ。

pythonでネットワークの絵が描きやすいpackage募集。

ReactomePAのエラー

factorがduplicatedしてるよと以下のように怒られるエラー。

(Error in levels <- ... factor level is duplicated Calls: ... fortify.enrichResult -> fortify.internal -> factor)


遺伝子セットは完璧にuniqueになっているのに、どうしても消えない。
ソースコードをみると、fortify-internalでDescriptionをfactor化しているときにエラーが入っている模様。

issueにあったけど解決してないようなので(すごい対応だなと笑った)、
https://github.com/GuangchuangYu/clusterProfiler/issues/116

無理やりEnrichの結果からDescrpitionが重複しているものをresultから除く処理を入れたよ。 https://gist.github.com/carushi/cc82d623af80d633539022aabbc32d2a

pandas ⇄ UTF-8 ⇄ Excel

pandasで読むとき

with codecs.open(bfile, "r", "UTF-8", "ignore") as file:    df2 = pd.read_table(bfile, delimiter=",")

pandasで書くとき(Excelが読んでくれるようにBOMつきで)

df2.to_csv(ofile, encoding='utf-8-sig')