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ね む い

一度実家に帰ったんですが
ネット環境があまり良くないのとコンセントと携帯をつなぐものを忘れてきてしまったので
領収書を出すついでに大学に戻ってまいりました.


今年中にmultiに対応したプログラムを完成させてみせま...す...

論文もたくさんiPadに入れたので 今年という締め切りにより自分を追い込む作戦!!

やりたいことはたくさん見つかったので 冬休み中にサーベイして 先生にお伺いを立ててみようかなと思います.

あと数日頑張りましょう!!( ^ω^ )ノシ

Come back

日本に戻ってきました!研究テーマになりそうなものが2つほど浮かんだので
今年中にサーベイしなければ!(^-^)v

C++

externというか複数ファイルの関係でいまだにつまづきます...


#include <iostream>  #include "matrix.h" int main(void) { vector<double> data; for (vector<double>::iterator it = data.begin(); it != data.end(); it++) { .... std::cout << Is_INF(*it) << std::endl; } return 0; } matrix.h #define INF 1000000 inline bool Is_INF(const double value) { return (value >= INF); }

こんなん.

はて.
 追記:
 staticつけてた関数だったよ〜 ぱっぱらぱ〜( ^ω^ )

Githubに初push!

こちらを参考にさせていただきました.

初心者Git日記その六~PCでGit初期設定とGitHubへのpush~


一番つまづいたのが
githubのパスワードだったっていう(笑)


パスワード変更のメール送ってみたんですがなかなか来ず,
あれは自動返信ではないんですかね?


手当り次第に試したらhitしました( ^ω^ )

アプリ

アプリ作成に必要な技術って
プログラミングよりも 必要な画像を作る力のような気がしてきた.


論文を読みたいけれどコードを書かないといけない今週. バイト先にも顔を出さないと...

Rをいじる

いまbiOpsパッケージをいろいろいじってるんですが
なかなかRのデフォルトの関数って
難しいことをしているんだなぁと実感しております。こんなんでちゃんと発表できるんでしょうかー

cellの論文

Revisiting Global Gene Expression Analysis
を読みました. ScienceでもNewsみたいなやつで話題になってたので.
MycはすべてのRNAの発現量を全体的に増加させるので, 今までの正規化手法だと正しく予測できないというもの.
Mycの重要性を最初に示した人がいままでの解析手法を批判した論文で 反論も多かったよう.

内容的にはまぁそういう発現パターンならそりゃそうなるだろうなと納得できるものでした. 正規化って難しいですよねぇ...

学会×2

明日あとひとつ発表が終わったら
しばらく研究に専念できます!今日は初めて英語でディスカッションできました。
つまるところも結構あったけど。
やっぱり適切な動詞を思い付くのが一番難しいと思いました。
土日はR作りに精を出そうと思います。
という訳で明日は頑張るぞ!!q(^-^q)

...

ぐっと我慢.

ゆるふわーるに向けて

作りたいものメモ

・可愛いカラーチャート
・♡とか☆のスタンプ
・キラキラによる落書き
・線も波線にしたりとか
・文字フォントもかわいく!

こんな感じでしょうか.
これをパッケージにしてwebにまとめておいておきたい.

こういうのって置くならどこなんでしょう?
githubでいいかな.


githubまだ使い方がわかってないので
勉強しながら置くことにします!


そして→にリンクをつけたしました.

Test2!!

Syntax Highlighterというもの.
#include <iostream> int main(void) { std::cout << "Halowa!" << std::endl; return 0; }

はて. ソースコードは無事表示されるようになったけど,
シンタックスハイライターが読み込めない...

<script>タグを使っても表示できなかったから単純にこちら側の問題?

追記:
できました!
サンプルのaliasをそのままにしていたのと,:;打ち間違いが原因でした!
なかなか見やすい!

バックアップ∞

ジョブがやっと終わったのでバックアップを何重にも取るなうです.


MacだとUSBはVolumes/以下にマウントされるんですね.
コマンドで直接コピーするの初めてだったんで,ぐぐりました.


これから解析だ〜\(^o^)/

GPU

第1回 GPUコンピューティングおよびCUDAについて

http://www.gdep.jp/page/view/248


こちらの説明はわかりやすかったです.

紹介動画笑ってしまいました. やることが派手......(ノ∀`)

そしてCUDAをついに入れてしまいました.
Compute Unified Device Architecture
おぼられない\(^o^)/


まぁ使えるGPUないんですけど(笑)

がっかいがっかい

今日は学会に行ってきました.


セッションをたくさん聞いて,ポスターも見て回り,
企業ブースでGPUについてもいろいろ教えていただきました(笑)


これからどういう研究をしていきたいか
最終的にどんな謎を解き明かしたいか

そういう予想図みたいなものはあるんですが,恥ずかしくて言えないので
胸を張って夢を語れるような研究をしたいと思います.



とりあえず今日は疲れましたー(;・∀・)

I've done!

Debugging process ends!!

I   AM    F R E E!!!! (←


今日はちょっとしたテスト受けて 論文読んで データ探したら帰ります( ^ω^ )ぬくぬく

I    AM  THE   HAPPIEST PERSON   ON THE EARTH!!!!!!!!  =8)⊃<



NHKのworld radioを聞いていて
Turky, Turky言うので真面目に聞いたら
初めてシリア内戦にトルコが関わっていることを知りました.

反アサド体制とトルコが仲が良いために,トルコとも緊張状態なんですね.


トルコって穏やかな国のイメージだったけれど,
やっぱりどこの国も戦争みたいなことはしてるんですねぇ..

学会

先輩がポスターやってるんですが
今日は用事があるんで明日からいこうと思います!ただ内容的には今日がメインだったのかな…(>_<)まぁ今日はデバッグに費やしますわ!!
あと少しだ!!\(^^)/


いそいそと授業

Cellに出たDicerの論文読んでおります。
正直内容は飛ばしぎみですが…RNAの長さによって機能が変わるというよりは
Dicerのパートナーの役割解明が内容的に多いような印象が。

セミナー

MPIの本を読み始めました.
実際に使うかはわかりませんが.
この前まではスレッドで並列化してましたが
今はスパコンにアレイジョブを投入しまくるのみなので...!!!!



Objective-Cの本も先生にお願いしたので,
早く読みたいですね!
本当なら今月末までにある程度マスターしたかったのですが...
まぁ出来る限りやってみます.

研究の気分転換になりますしねぇ
More Effective C++も読み終わってないんですけど(笑)





12月には学会の嵐ですが,
今回はOralの発表は見送りました.
もう一つの研究と並行している状態なので
Oralで発表できるほどのデータがないのが正直なところです.

でもポスターでも国際学会での発表は初めてなので,
きちんと英語で説明できるように練習していこうと思います.

あと「もう一回ゆっくり言ってください」
と英語で何パターンか用意しておこうかと(笑)


それではっ!( ^ω^ )ノシ


箇条書きが消せない

An RNA Mapping Database for curating RNA structure mapping experiments 


Pblo Cordero, et al.
Bioinformaticsfirst published online September 12, 2012 doi:10.1093/bioinformatics/bts554 


スタンフォードの学生の論文でした.
SHAPEの実験データと,
既に計算された二次構造のデータなどをまとめたのが偉いんでしょうか...

擦り傷

だいぶ治ってきました。
水につけてももう大丈夫です。Natureのカキゲノム読みました。
確かに水があるときとないときで環境の差が大きいので、
ストレスに強くなるためにどのようなシステムが働いているか調べる
というアプローチは正しいんだろうなと思いました。
ところでライブラリをいつ使ったらいいのかわかりません。
共通するような作業をまとめるとき見たい漠然としたイメージしかないです…一つの実行ファイルのサイズを小さくするときにも使ったりするんでしょうか。使い方はわかるんですがよくわからん。

Test!

I'm now trying to post a new article! :-)I wish I will succeed!!!!

こりかた

肩こりと眼精疲労に悩まされてます...
夕方になるとパソコンを見るのが辛い!

もともと目が弱いので,昨日は目に蒸しタオルをのっけて寝てみました.
今日は大丈夫だろうか.

とりあえず疲れたら論文読みに切り替える方針でいきます.



遺伝子の水平伝播のいいレビューないかしらー
nature review読んでもいまいち求めていた解答が得られない...



午前中はデバッグ頑張ります!( `_ゝ´)+

スパム

食べ物の方じゃないですよ.
(そういえばpythonの本かなんかの本でプログラム例にひたすらSPAMが出てきたような気が)

Bloggerっちにスパム認定されてしまいまして,
調べてみたところそれを解除するために
電話番号か携帯のアドレスをGoogleに教えないといけないらしく

「なんでそんな個人情報教えにゃならんのじゃ!Σヽ(`д´;)ノ うおおおお!」

と思い,放置していました.



その後しばらくしてからブログにアクセスしてみたらスパム認定が取り消されていまして,
どうやらアルゴリズムで自動スパム認定したあと手動で確認しているみたいです.


という訳でスパムが外れたので
またしばらく使ってみようかな〜と思います( ^ω^ )

文字列の一致・不一致

二つのファイルに

aiueo
baby
cout
..

という感じでデータがあって,
改行までをそれぞれ一本の文字列としたときに
共通する文字列の本数を知りたいときには
どうやったら速いんでしょうか.


C++で
getline -> mapにin -> find
の流れにしようかと思いましたが,

めんどーだったので
diff file1 file2 | grep ">"| wc
diff file1 file2 | grep "<"| wc
でなんとかしました.

でも毎回ソートするのがめんどくさい...!!!!ヾ( ゚Д゚)ノ゛

(しかも結果が目で見て数えたのと違った...多分目の方が違うんでしょうが(笑)



(追記)
しょうがないのでシェルスクリプトを書きました.
ぐぐったらシェルスクリプトならば
diff <(filename) <(filename2)
とやるとソートの中間ファイルを作らずにdiffまで持って行けるらしい.


便利ですなあ.

Titleのfontを変えてみたtest

ちょっと休憩中ですー

どうせなら可愛いブログにしたいですよねー(・ω・)ねー


読まなくていいと言われましたが
現在進行形でMore Effective C++を読んでいます.

原書で読んでるんですが
  「to say sayonara」とか出てきてびっくりしました.

さよならってメジャーな日本語なんでしょうか.

たしまみてめ初

パソコンで気軽に更新できるブログがあったら便利かなと思い立ち
作ってみました!

論文雑誌にざっと目を通した感想や,
これからやりたいコーディングなんかもだらだらと書きとめておこうかなと思っています.


(不便だったらすぐ消してしまうかもしれません...


とりあえず今一番やってみたいことは
Rのパッケージ作成です.
毎回使ってる関数をパッケージ化して置いておけたら便利だな〜と.

ぐぐってみたらあまり難しそうではなかったので,
時間があるときにチャレンジしてみたいと思います(・ω・)

それでは(=゚ω゚)ノ


test!

test投稿!(・ω・)ノシ