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applyで勝手にスペース挿入問題の解を得た!!!

data.frameをapplyすると、文字列に勝手にスペースが挿入された上ファクターに変換されます。 これはdata.frameをmatrixに変換する際に動くas.matrix内でformat関数がデフォルトで動くためです。 chrの情報などでたびたび悩まされてきたこの問題を楽に解決する方法がやっとわかったのでシェア。 なんと簡単、 sapply(df, as.character) で文字列のリスト状態にしたあと、 apply(df, c(1), function(x){hogehoge}) してあげれば文字列マトリックス(リスト?)にそのまま適用してくれます。 for文とかindexでのアクセスだと死ぬほど遅くなるのでこれは便利。。

WLSのssh

WLS上でのsshが以下のように突然拒否される病にかかった。 ssh: connect to host xxx port 22: Resource temporarily unavailable おそらくWindows updateでFirewall設定が変更になるかしたからだと思われるが、 ~/.ssh/configに Host *              ProxyCommand nc %h %p %r と入れて、 chmod 600 ~/.ssh/configにしておいたところうまくいった。 回答をよく読むとFirewall設定ではなく、内部でのProxyを利用したjumpがうまくいっていない模様? サーバーの方でRAMを追加するかなにかしたらしいので、内部でどこかに飛ばされる仕様になったのだろうか。 わたしはふいんきでsshをしている。 参考: https://superuser.com/questions/1098526/windows-10-linux-subsystem-ssh-client-resource-temporarily-unavailable

ソーシャルセキュリティ関連 続報

改姓によるもろもろの手続きで、やっとSSNの手続きに成功したので最終的な結果まとめ。 今回DS2019で諸々ミスがあり再発行などを行なったので、 オフィスにも二回行くことになったんですが、 スポンサーが所属機関でない人はさらに時間がかかっていたかもしれません...(´;ω;`) ①1回目の突撃 まず1回目、米国到着後数日で手続きをしに行ったのですが、 名前の不一致ではねられました。 J1の人がSSNの名前変更で必要となる書類は パスポート(ID) DS2019 以前のソーシャルセキュリティカード(回収されます) 最新のI94 です。 またそれ以外に婚姻証明(=戸籍謄本)が必要と思われます。 1回目の人には求められませんでしたが、2回目の人には求められたのでこれは多分必要。 そのときに言われたのが「パスポート、DS2019, I94すべての名前が一致する、すなわちLegalな名前になっていること」が必要と言われました。 私はDSの名前を両姓表記していたため、これが一致しなかったためはねられました。 (これ実は担当の人もわざわざ日本大使館に電話してくれて大丈夫と言われていたんですが。。) ただ、スポンサーの人とのオリエンテーションなどを終えてJ1のステータスが有効になってからでないとSSNの手続きはできなかったので、どのみちこのときには手続きは進められなかったと思われます。ラボの担当の方には勤務開始から1,2週間を目安に行くといいと言われました。 ②2回目の突撃 そこでDS2019の名前をLegal Nameに変更して出しなおしてもらい再挑戦しました。 ちなみにDSは結構名前や日付間違っていたりしてもビザ出ちゃうのでよく確認した方がいいそうです。再発行されたらホチキスでとめてくれて両方を常に持ち運んでます。 このときには上に書いたもの+婚姻証明を求められました。 翻訳版はもっていったのですが、内部の翻訳者による翻訳をするとのことで 提出することはありませんでした。 最終的に全ての書類はコピーをとられて、古いSSN以外は現物が返ってきました。 翻訳にまわる時期によりますが運がよければ一週間、遅ければ1,2か月かかるとのことですので、 これから大人しく新しいカードの到着を待ちます(-人-)

Chromeの謎のバグがなおった

Chromeを開いてリンクをクリックしたらブラウズするかわりにhtmlをダウンロードしてしまうバグに遭遇。 フォーラムをみてみるとcacheを消すという対策方法が。 clear browsing dataを選択し上から4項目を1日分消しましたがなおらず。 ネットの海をさまよっていると https://dame3212.net/2015/12456.html こんな記事を発見し、Alt+クリックになってしまっているのでは!?というコメントが。 そこで、Bluetoothキーボードの設定を削除しつなぎなおしてみると無事なおりました。 Adobe内部でもショートカットのキー変換がおかしくなっていましたが、 ことえりの言語選択を何回か切り替えたら戻りました。 よかった!

igraphのインストール

_igraph.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so: undefined symbol:  もしくは undefined symbol: xmlStrEqual などのエラーがでて困った。 igraphを別でインストールして、pkg_config_pathやLD_LIBRARY_PATHを変えてもどうしても動かなった。 https://github.com/igraph/python-igraph/issues/122 ここからpre-compiled versionを使えばいけるかもと思い conda -c conda-forge python-igraph でいったところ無事動きました。

不要なイメージの削除

大混乱していたけど、コンテナを削除→イメージの削除が必要でした。 https://www.kabegiwablog.com/entry/2018/07/18/100000 今度はDocker composeも書いてみたい。

旧姓を失った研究者が海外でも活躍するためには

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突然ですが結婚しました! そして苗字の珍しさで負けたので、夫の姓にすることに話し合いで決まりました。 今まで名前と生年月日という情報をもとに個人が識別されていたのに、名前が変わるって大丈夫なの!?と思ったらやっぱり大変でした。 ということで、それに伴う名前変更作業などについて記録しておきます。 (これを参考にして何か問題が起きても責任はとれませんので悪しからず)     そもそも仕事での名前をどうするか? 研究者にとって、今までの名前で検索して業績がひっかからないというのは致命的です。 私は一応生物系(???)の研究者なので基本的にPubmedを参照することが多いですが、 知り合いの研究者の名前をPubmedで検索してみると、論文誌によって保持される著者名情報が違うためミドルネームの情報ではヒットしない場合が多く、苗字の変更はクリティカルになります。 ↑ 姓名などについて詳しく条件づける検索方法は特にないようです 例えばHetta HaraさんがHetta Okaneさんになったとき こんなとき、名前をどうするかについては知り合いの(主に女性の)研究者の人たちをみるといくつかのパターンがありました。 旧姓のまま(Hetta Hara) メリット 当然楽 であり、今までの活動をまるっとそのまま引き継げる。 デメリット 戸籍名を強制する表記があったときに、それらを統合する術がない。また、その本人であることを証明することも難しくなる。税金関係や未確認だが卒業論文、証明などは戸籍名になるという説がある。パスポートも原則戸籍名です。 新姓に変更する(Hetta Okane) メリット 戸籍名と一致するため本人確認で身分証を必要するときにも問題なし デメリット もしそれまでに研究活動をしていたらそれらを統合する術がない。医師免許や博士号などの名前と異なるので、証明が難しい。 ミドルネームに旧姓を入れる(Hetta Hara Okane) メリット 一応公式の名前は戸籍名と一致しており、旧姓の情報もわかるので親切な人であれば昔の論文も検索してくれるかもしれない。 デメリット Pubmedの検索では名前とミドルネーム情報はイニシャルでしか含まれないことが多い(Pubmedの仕様なのか元の