CAGErを動かす

RECLUのスクリプトがバグでtempファイルの衝突が起きて動いてくれないため、
bioconductorのCAGErのパッケージでデータを処理しようとしている。

getCTSSでのbamファイルの読み込み中に
"Error in loadFUN"
"trying to load regions beyond the boundaries of non-circular sequence "hoge""
というエラーが出て困った。

しかし、示されたhoge染色体のリードを抽出してみても、ゲノムサイズをはみ出ているものはなく。。
何度か試してみたところ、止まったり止まらなかったりすることがわかった。

一番メモリをくうブラウザを切って走らせてみたところ、
もっとも多くのファイルをエラーなく読み込めたことから、
メモリが足りないときにBSgenomeに対応するメモリが確保できないかなにかで
このエラーが出ているのではないかと推測しました。


とりあえずの解決策として、
全データの読み込みはあきらめて、replicateごとにデータを分割して読み込み
ctssをファイルに出力する方式でいってみます。ʕ ◔ϖ◔ʔ


コメント

このブログの人気の投稿

再現性なんてないさ(?)

特に収穫がない日

qsubに引数