2015年6月8日月曜日

ICML2015

ICML2015のaccepted paper一覧が出ていました。

http://icml.cc/2015/?page_id=710


ゲノム関連があったので、一つご紹介。


PeakSeg: constrained optimal segmentation and supervised penalty learning for peak detection in count data
http://jmlr.org/proceedings/papers/v37/hocking15.html


カナダのMcGill Universityのラボの論文です、目の前まで行ったことあるぞ。


概要

  • ChIP-seqのピークをdetectしたい(リードカウントが高くなる領域が知りたい)
  • ヒトの目によるデータをおそらく正解とする
  • Poissonで損失関数をつくって、Supervisedな手法によるピーク検出(リードカウントのスイッチがおこる場所)を得る
  • 離散的なポジションなので前のスイッチポジションとその位置情報をインデックスとしてDP可能
  • この論文ではその手法にさらにheuristicなポジション探索位置の枝刈り?を入れることで高速化
  • ハイパーパラメータをスライディングウィンドウで求めるだけのUnsupervisedよりも結果が良かった
  • AIC/BICと比較するとoracleペナルティを使った方が精度が良かった
  • oracle inequalityはこれ。あとで読もう。http://arxiv.org/pdf/1301.2534v2.pdf

oracleペナルティって名前がYABAI \(^o^)/







Rob Pikeに感銘を受けて?Sawzallを動かしてみようと思ったんだけど
https://code.google.com/p/szl/
objdumpのelfgen_unittestが必要だよーと言われてconfigureに失敗する。


coreutilsにaliasはってもだめだから、やっぱりUNIXじゃ動かせないのか...??



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