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生物と無生物の狭間でプログラミング

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テーマ画像の作成者: Michael Elkan

©わたし

l_coli: Ph.Dを取得後、アメリカの都会の田舎地域に単身赴任留学。現在は日本で研究室主催中、生物を情報でなんとかしたい。言語はC++, python, R, go, あたりをつかって機械学習・統計・アルゴリズム的なものを書いて遊んでいます。 RustとF#を覚えようと思ってはや何年。 githubのidはcarushi↓

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旧姓を失った研究者が海外でも活躍するためには

突然ですが結婚しました！そして苗字の珍しさで負けたので、夫の姓にすることに話し合いで決まりました。今まで名前と生年月日という情報をもとに個人が識別されていたのに、名前が変わるって大丈夫なの！？と思ったらやっぱり大変でした。ということで、それに伴う名前変更作業などについて記録しておきます。（これを参考にして何か問題が起きても責任はとれませんので悪しからず）　　そもそも仕事での名前をどうするか？研究者にとって、今までの名前で検索して業績がひっかからないというのは致命的です。私は一応生物系（？？？）の研究者なので基本的にPubmedを参照することが多いですが、知り合いの研究者の名前をPubmedで検索してみると、論文誌によって保持される著者名情報が違うためミドルネームの情報ではヒットしない場合が多く、苗字の変更はクリティカルになります。 ↑ 姓名などについて詳しく条件づける検索方法は特にないようです例えばHetta HaraさんがHetta Okaneさんになったときこんなとき、名前をどうするかについては知り合いの（主に女性の）研究者の人たちをみるといくつかのパターンがありました。旧姓のまま（Hetta Hara）メリット　当然楽であり、今までの活動をまるっとそのまま引き継げる。デメリット　戸籍名を強制する表記があったときに、それらを統合する術がない。また、その本人であることを証明することも難しくなる。税金関係や未確認だが卒業論文、証明などは戸籍名になるという説がある。パスポートも原則戸籍名です。新姓に変更する（Hetta Okane）メリット　戸籍名と一致するため本人確認で身分証を必要するときにも問題なしデメリット　もしそれまでに研究活動をしていたらそれらを統合する術がない。医師免許や博士号などの名前と異なるので、証明が難しい。ミドルネームに旧姓を入れる（Hetta Hara Okane）メリット　一応公式の名前は戸籍名と一致しており、旧姓の情報もわかるので親切な人であれば昔の論文も検索してくれるかもしれない。デメリット　Pubmedの検索では名前とミドルネーム情報はイニシャルでしか含まれないことが多い（Pubmedの仕様なのか元の...

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再現性なんてないさ（？）

※この投稿は「今年読んだ一番好きな論文2016」 Advent calendar の12月21日の記事です。（わざわざ手描きにしたのに結局著作権が危うい絵を描いている）どうもこんにちは、博士論文（仮）を提出したばかりのぴちぴちのD3、@calicolicali です。学生最後ということで、院生しか登録できないAdvent calendarに登録させていただきました！ ʕ◔ϖ◔ʔ 　「統計について」という事前コメントをしましたが、私の専門はアルゴリズム寄りの Computational Biology で、これまではRNA二次構造予測ソフトウェア ParasoR の開発や、配列アラインメントソフトウェア LAST の開発に関わらせていただいたりしてきました。（ご興味あればぜひ！）しかしこの分野では「網羅的な遺伝子データや配列情報を扱うためには統計や機械学習が必要！」ということで、日々これらの分野の勉強をしております。　そんな私が紹介する、今年読んだ一番好きな論文はこちら(｀・ω・´)つ "Estimating the reproducibility of phychological science" Open Science Collaboration. Science 349.6251 (2015): aac4716. 去年の８月にサイエンス誌に投稿された論文ながら、Google scholarではすでに652本のサイテーションがなされています。ざっくり解説　この論文は心理学の分野の3つのジャーナルに2008年に出た約100の実験的な相関解析に対して再実験を行い、どのような実験・結果であれば再現性が得られるのかということを調べた論文です。元論文の97%で有意なp値が得られていたものに対して、再現実験では有意とされたものは37% 、95%信頼区間に入ったものが47%、元論文のデータと組み合わせても最終的に68%までしか有意性を確かめられなかった、という報告がなされました。　この論文は発表後様々な研究者によって正当性を検証するコメントや論文がでており、そして、最近Natureなど大手の雑誌でも心理学に加えて生物学など様々な分野での Reprod...

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WLSのssh

WLS上でのsshが以下のように突然拒否される病にかかった。 ssh: connect to host xxx port 22: Resource temporarily unavailable おそらくWindows updateでFirewall設定が変更になるかしたからだと思われるが、 ~/.ssh/configに Host * ProxyCommand nc %h %p %r と入れて、 chmod 600 ~/.ssh/configにしておいたところうまくいった。回答をよく読むとFirewall設定ではなく、内部でのProxyを利用したjumpがうまくいっていない模様？サーバーの方でRAMを追加するかなにかしたらしいので、内部でどこかに飛ばされる仕様になったのだろうか。わたしはふいんきでsshをしている。参考： https://superuser.com/questions/1098526/windows-10-linux-subsystem-ssh-client-resource-temporarily-unavailable

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複数ファイルのbibtex

\usepackage{natbib} \bibliographystyle{hogehoge} \bibliography{ bibfile1 } という風に単独の場合書きますが、複数ファイルの場合は \bibliography{ bibfile1, bibfile2 } と書くらしいので、これをやってみたら white space in argument というerrorが出ました。頭をひねること数分、自然にコンマのあとにスペースを入れていたことに気付いたので、 \bibliography{bibfile1,bibfile2} と打ち直して無事成功しました( ^ω^ )

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特に収穫がない日

クレメールラオの不等式とか調べていて情報幾何について勉強したいと思いました。来学期は測度論の授業にもぐってみようかなと思ってます。ついていけるかな〜

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ValueError: bad marshal data (unknown type code)

画像判別のために以下のライブラリを入れようとした。 https://pypi.python.org/pypi/milk/ Anacondaを入れているのでanaconda/binのeasy_installでインストールしようとしたところ、コンパイルでこけて以下のエラーメッセージを吐く。 "ValueError: bad marshal data (unknown type code)" ググってみると、既存のpycとconflictしているのではという話があったので globalとanaconda local以下のpycを全て削除してみたがやっぱり進まず。かわりに anaconda/pip install milk をやってみたらなぜか通った。しかし今度はpythonを起動してみてimportしてみたところ、 no moduleに。これは、新しく作った環境の中でpythonを動かしているせいだった。きちんと環境の中のpipでインストールしてあげれば見つかる。（バージョンがあっているかは不明） anaconda3/envs/env_name/bin/pip install milk 以上！ ʕ◔ϖ◔ʔ

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BibTexでet alを斜体にする

\citep{}なんかでBibTexデータを参照すると、 et alは斜体になりません。それを変えるには、スタイルファイルに自分で変更を加えてそれを読み込むようにするようです。 http://www.latex-community.org/forum/viewtopic.php?f=19&t=14338 でもet al自体は斜体でも　そうでなくても構わないらしいので、面倒ですし修士論文はそのままの体裁で行こうと思いました。まる。もし斜体にしたくなったときのためのメモｃ⌒っﾟдﾟ)っφ　ﾒﾓﾒﾓ... 追記： http://ichiro-maruta.blogspot.jp/2013/03/latex.html ここを参考に、クラスファイルをreportからscrreprtにしました。こっちの方が余白もちょうどよくてきれいですね。最初はpathを通そうとがんばっていたんですが、 texliveをアップデートしたらデフォルトで入っていました。

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qsubに引数

スクリプトのinputのファイル部分を引数として渡したかったのですが qsub -v MYARG=/home/myname/inputfile hoge.sh とすることで成功。前はこれができなかったので、ファイルのパターンだけシェルスクリプト生成してたなぁ...（遠い目追記：複数の場合はコンマ区切りではダメだったので qsub -v MYARG1=/home/myname/inputfile -v MYARG2=/home/myname/outputfile hoge.sh のような感じでok。

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