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High sierraにあげた

Dvorak対応(caでかに変換とか)は /Systems/Library/Input Methods/JapaneseIM.app/Contents/PlugIns/JapaneseIM.appex/Contents/Resources/RomajiRule_Kotoeri.txt の書き換えではできなくなってしまったらしい。。 別のソフトを入れるか、とりあえずGoogle IMEを入れる。 改悪だなぁ...

Pythonのオブジェクト一覧

Rのobjects()みたいな関数が欲しいと思ったんだけど、 ググり方が悪かったのかなかなか見つからなかった。 https://stackoverflow.com/questions/4458701/how-to-get-the-list-of-all-initialized-objects-and-function-definitions-alive-in 最終的にlocals, globalsでなんとかなりそう。 gcはオブジェクトのメンバー変数なんかまで調べるのに適していそうな気配。

Arch linuxのネットワーク問題

Hyper-vでArchを入れましたが、外部スイッチはちゃんと設定しているはずなのに pingがうまくいかない問題。 ip addr で誰がいるか確認をして、 sudo ip link set eth_hoge up として念のためupにさせて、 最終的に dhcpcd eth_hoge としてあげたらpingが通るようになりました。 dhcpのためのclientが自動で動いていなかった、という理解でいいと思われる。 これで無事デスクトップ環境をいれることができそう。

macOSのxargsは空白行を無視する

GNUは-r オプションでそれを防げるが、 BSD版ではそれが標準ではついてない。 https://stackoverflow.com/questions/17402345/ignore-empty-results-for-xargs-in-mac-os-x ...かなしい。。

plotlyで図を描いた

アカウントを作ってAPIとデータストリームトークンを発行したら、 ここにあるように~/.plotly/.credentialsに書き加えておく。 https://plot.ly/python/getting-started/ このテストを動かしてみたところ、無事ブラウザから見られた。 https://plot.ly/python/network-graphs/ しかし、やっぱりWeb経由してplotlyのサーバーで図になる、なんてちゃんちゃらめんどうだ。 plotlyのサービスを初見で「めんどくさそうだな」と思った記憶があるけれど、 やっぱり面倒だ。 pythonでネットワークの絵が描きやすいpackage募集。

ReactomePAのエラー

factorがduplicatedしてるよと以下のように怒られるエラー。 (Error in levels <- ... factor level is duplicated Calls: ... fortify.enrichResult -> fortify.internal -> factor) 遺伝子セットは完璧にuniqueになっているのに、どうしても消えない。 ソースコードをみると、fortify-internalでDescriptionをfactor化しているときにエラーが入っている模様。 issueにあったけど解決してないようなので(すごい対応だなと笑った)、 https://github.com/GuangchuangYu/clusterProfiler/issues/116 無理やりEnrichの結果からDescrpitionが重複しているものをresultから除く処理を入れたよ。 https://gist.github.com/carushi/cc82d623af80d633539022aabbc32d2a

pandas ⇄ UTF-8 ⇄ Excel

pandasで読むとき with codecs.open(bfile, "r", "UTF-8", "ignore") as file:     df2 = pd.read_table(bfile, delimiter=",") pandasで書くとき(Excelが読んでくれるようにBOMつきで) df2.to_csv(ofile, encoding='utf-8-sig')