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突然Finder上でDropboxのオプションやアイコン表示が効かなくなった。 環境設定→一般→File providerからDropboxだけONにして再起動したり FinderやDropboxの再起動では直らなかったのでChatGPTと相談して、 結局原因として見つかったのはgarconがOFFになっていることだった。 pluginkit -m | grep -i dropbox の出力結果を見てみると、以下のようになっていた。 +    com.getdropbox.dropbox.TransferExtension      com.getdropbox.dropbox.fileprovider -    com.getdropbox.dropbox.garcon ということで、garconを起動するコマンドを走らせてFinder再起動で無事解決。 pluginkit -e use -i com.getdropbox.dropbox.garcon killall Finder この辺りのことは生成AIがだいぶ解決策を示してくれるようになりましたが、それのインプットとして使われるかもしれないのでまとめ。

 Macをアップグレードしたら、どうもKarabinerと相性が悪い。 Command+altで表示するスイッチャーでアプリが選択されず、 キーボードビューワーを見てみるとCommandキーがききっぱなしに。 MacのSticky keyやキーボードショートカットもすべて確認したが問題なく、 Karabinerを切ると直る模様。 結局KarabinerでインポートしていたComplex Ruleで遅延評価がデフォルトオンになっていたため、Commandキーがききっぱなしになっていたようだ。 https://kakakakakku.hatenablog.com/entry/2020/02/04/000203 書き直して無事快適生活が戻ってきた！

現在Mac PCを新しいものに移行中なのですが、いい加減いにしえの設定の残骸が残りすぎているので 古いデータをまずそのままMigration taskで移行 →OSだけ新しくインストールしてシステムファイル上書き →別のユーザー下から必要ファイルを少しずつ移行 という形で設定ファイル群を整理しています。 その中で、ログインアイテム項目の中のバックグラウンドを許可されたアプリの一覧が、もう消した古いアプリまで残っていて気持ちが悪かったので初期化しました。 やったことは見つかる限りのplistの削除と、システムファイルの強制初期化でした。 plistの整理（消す場合はバックアップをとっておくこと） ls ~/Library/LaunchAgents ls /Library/LaunchAgents ls /Library/LaunchDaemons また、最近のOSではbackgroundtaskmanagementagentはユーザーによるアクセスは推奨されていない。 が、ここを強制的に削除して再起動により再構築してもらったところ、 ようやくリストが最新のものに更新された（ご利用は自己判断で） sudo rm -rf "/Library/Application Support/com.apple.backgroundtaskmanagementagent" sudo reboot 基本的に一度でもバックグラウンド実行されたものはここにリストが残るので、よっぽど適切にアンインストーラが設定されていない限り、ここにはひたすら新しいアプリが追加されていくようだ。 ちなみに、launchservicesの初期化は効果がなかった。とほほほ。 /System/Library/Frameworks/CoreServices.framework/Frameworks/LaunchServices.framework/Support/lsregister -kill -r -domain local -domain system -domain user

先日ついに出産という人生のビッグイベントを乗り越え、現在は3時間ごとに起床する生活を送っています。 ギリギリまで働いていたのと、実家には自分のスペースないやろな...って感じもあり、里帰りはしませんでした。そのため産後はひたすら夫が買い物・ご飯の調達をしてくれました。感謝感謝！シャッシャッシャ！（よく知らないYouTuberネタに雑にのる） という訳で、個人的な出産振り返りです。

諸々の発表なども終わり、ようやっと産休に入れました。仕事の方はまだ色々やることもあるし、未熟児を脱出するためにももう少しお腹にいてくれよ〜という感じですが、推定体重が2kgを超えてだいぶ無事に成長してくれる確率が上がってきて少し安心です。 という訳で、以下安定期から妊娠後期までの備忘録です。 妊娠中期 6ヶ月 6ヶ月の22週は妊娠中絶の最終ラインであり、そこを超えると流産ではなく早産という扱いになります。子供が助かる可能性が出てくるし、出産一時金も出るので胎内にいるモノがヒトとして認められたような気がした。 食事にはまぁまぁ気をつけてはいたけど、やっぱり免疫力の低下には勝てなかったのか胃腸炎でダウンしたのもこの頃。思い当たるのが焼き肉弁当くらいなんだけど、みんな火通ってるはずなのになぁ... その店ではもう弁当買ってません。 外食とかおでかけとかはまだ特に問題なく出来ていたけど、少しずつ貧血やら眠気やらが出るようになったり、立ち続けるのもしんどくなってきていたので、懇親会とか講義とかあまり無理せずほどよいタイミングで休ませてもらえるように気をつけていた。ラボに新たなメンバーも加わって、頑張りどきだったけど、そこは仕方ないと割り切って。 そういえば、ちょうど6ヶ月になった日が土曜だったので戌の日参りにも行ったのでした。祈祷をしてもらって玉串を納めてきたけど、中々ない貴重な機会だったので行って良かったなと。腹帯や御札、お米やお酒やらをお土産にもらって、無事の誕生を祈るとのこと。 7ヶ月 今年のGWはどうしようかなと思ってたけど、電車で1時間くらいの距離のところで、ゆっくりまったりしながら、おいしいものを食べる旅に行って思い出を作ることができて良かった。ライスコロッケとステーキが美味かった。旦那を誘って細々した赤子・入院グッズの買い出しにも行って、だいたいの消耗品は一気に買い揃えて、後足りないものは出産直前で大丈夫という状態に持っていけたので心持ちが軽くなった。 後半には一気に物理的なお腹のサイズが大きくなって、貧血、食欲不振、胃酸の逆流、腰痛などなど、身体的な症状がかなり強まってきた時期。入らない服も増えた。胎動は結構わかるようになってきて、ぽこぽこ頻繁に動いていた記憶。 そして深夜の恐怖こむら返りが始まる...！ 翌日まで続く痛み、途中で叩き起こされるので睡眠不足にも...

祝Embryogenesis！ 教科書に書いてあることが、本当に体内で起きてるんだな〜と思うと感慨深いものがある。無事に生まれるまでは数え切れないトラブルが起こりうるので、何も確かなことは言えませんが、相続権のある人間が胎内にいることは確か。これ民法でかなり最初の方に書いてあった項目だった記憶がある。ここから流産したとしても、出産一時金も産休ももらえるので、だいぶ一人の人間という概念に近付いている感覚がある。 という訳でこれまでの覚え書きを残しておきます。

仕事＆査読初めしました、どうも。 昨年は米国から帰国して、環境が色々変わったりと中々めまぐるしい年でした。既に4月のTax returnが死ぬほど嫌です。 今年はじっくりいろいろなことに取り組んで、来年以降に収穫できる苗を増やしていきたい所存です。 今年の目標は 単著を書く（割と最良のタイミング感あるので） ソフトマターがタイトルに含まれる仕事をする（昨年末に面白そうだなぁと思ったので） 心にうつりゆくよしなしごとを文章にして残す（書かないと忘れる三十代） くらいにしておきましょうか。 自分の中の研究の幅を広げていける年にしたいと思います。 正月の積ん読の消化中に伊藤計劃の虐殺器官を読みました。 結構響くフレーズがあったりして面白かったんですが、ホロコーストのユダヤ人の管理にIBMのパンチカードが使われていたという話は知らなかったので勉強になりました。 IBMとホロコースト―ナチスと手を結んだ大企業 アメリカで2003年のベストノンフィクション本オブ・ザ・イヤーに選ばれたこの本、IBMは虐殺に使われることは関知していないと否定しているが、まだ司法での決着は特についていないよう。IBMとしては支援団体に寄付などは行っているみたいですね。 論文収集して投げっぱなしも多かったので、もう少し精読の速度をあげたいなぁ。 と言いながら、放置していた論文の再読み込みを済ませている仕事初めです。 前ラボの仕事を早々にまとめて、1,2月中に投稿するぞー。 今年もよろしくお願いします。

R内でパッケージをコンパイルする際には、Makevarsファイルにオプションを書き込むことで、指定のコンパイラ・オプションでコンパイルを実行できる、という風に以前までは理解していた。 しかし、実体としてはMakevarsを読み込んだあとに、本体のRをコンパイルした際の設定を含むMakeconfが読み込まれオプションは上書きされてしまうとのことだった。 これはR自身をコンパイルした環境と基本的に同じ環境でパッケージもコンパイルされるべきという理念に従うもので、仕様とのこと。  https://stackoverflow.com/questions/49217539/package-build-ignores-makevars-flags そのためパッケージのコンパイルで特別なオプションを指定したい場合には、Makevars内にPKG_CXXFLAGSオプションで指定しておく。 CXXなどコンパイラ自体を変更する指定は基本的に反映されないものと理解しておく。

みなさま明けましておめでとうございます！ 2020年の抱負みたいなものも書きたいのですが、それは次の記事に譲って 2019年（私的）一大問題となっていた免許＆車問題についてブログにまとめたいと思います。 場所はNYですが、個人的体験に基づきますので精度は保証しかねます。 筆者は 日本で相当前に免許をとった 路上で運転したことは一回しかない かつ車を所持したこともない という人間が、アメリカ東海岸でどうやって車を手に入れて 人並みに生活できるようになるか、その第一歩を記しておきたいと思います。 渡米前 実家の車を借りて5回ほど練習しました。 ただ別世帯なので別途保険に入る必要がありました。 最近はコンビニで入れる300円ぐらいの保険もあってべんりですね。 https://ehokenstore.com/oneday これを使っていました、申し込みから24時間が1日分なので 土日なら2日練習できるのでよき。 でも結局右折下手すぎ＋速度出せない状態で渡米したので、 両親にはとても心配されました。 車入手 渡米してからすぐ、ちょうど帰国する方の車を買い取る形で車を入手しました。 車自体は古いですが本人も運転が苦手であまり毎日長距離運転するわけでもないし、 数年は持つやろという感じで。その節はどうもありがとうございました。 たいがい現金かチェックで求められるのでここが一番の難所なのですが、 私の場合しばらく日本のクレカで生活して、貯めたお給料で車を買いました。 （いい車だったらこの作戦は難しいです。） アメリカは10数年前の車が普通に走っており売り買いされるので、 車の値段については KBB などのwebsiteで相場をチェックしてから交渉するのが吉です。 あとは知らない人から買う場合には試運転をしっかりさせてもらって 事故歴なども調べた方が等々ありましたが、 チキンなので知り合いの日本人の方に譲っていただけてよかったです。 車両を個人的に譲り受ける際には、前の持ち主に記入してもらった タイトルと呼ばれる権利書をもってDMVに行く必要があります。 ミスがあったらやり直しなので、できれば両者が一緒の方が安心です。 またその際には既に保険に入っ...

data.frameをapplyすると、文字列に勝手にスペースが挿入された上ファクターに変換されます。 これはdata.frameをmatrixに変換する際に動くas.matrix内でformat関数がデフォルトで動くためです。 chrの情報などでたびたび悩まされてきたこの問題を楽に解決する方法がやっとわかったのでシェア。 なんと簡単、 sapply(df, as.character) で文字列のリスト状態にしたあと、 apply(df, c(1), function(x){hogehoge}) してあげれば文字列マトリックス（リスト？）にそのまま適用してくれます。 for文とかindexでのアクセスだと死ぬほど遅くなるのでこれは便利。。

WLS上でのsshが以下のように突然拒否される病にかかった。 ssh: connect to host xxx port 22: Resource temporarily unavailable おそらくWindows updateでFirewall設定が変更になるかしたからだと思われるが、 ~/.ssh/configに Host *              ProxyCommand nc %h %p %r と入れて、 chmod 600 ~/.ssh/configにしておいたところうまくいった。 回答をよく読むとFirewall設定ではなく、内部でのProxyを利用したjumpがうまくいっていない模様？ サーバーの方でRAMを追加するかなにかしたらしいので、内部でどこかに飛ばされる仕様になったのだろうか。 わたしはふいんきでsshをしている。 参考： https://superuser.com/questions/1098526/windows-10-linux-subsystem-ssh-client-resource-temporarily-unavailable

改姓によるもろもろの手続きで、やっとSSNの手続きに成功したので最終的な結果まとめ。 今回DS2019で諸々ミスがあり再発行などを行なったので、 オフィスにも二回行くことになったんですが、 スポンサーが所属機関でない人はさらに時間がかかっていたかもしれません...(´；ω；｀) ①1回目の突撃 まず1回目、米国到着後数日で手続きをしに行ったのですが、 名前の不一致ではねられました。 J1の人がSSNの名前変更で必要となる書類は パスポート（ID） DS2019 以前のソーシャルセキュリティカード（回収されます） 最新のI94 です。 またそれ以外に婚姻証明（＝戸籍謄本）が必要と思われます。 1回目の人には求められませんでしたが、2回目の人には求められたのでこれは多分必要。 そのときに言われたのが「パスポート、DS2019, I94すべての名前が一致する、すなわちLegalな名前になっていること」が必要と言われました。 私はDSの名前を両姓表記していたため、これが一致しなかったためはねられました。 （これ実は担当の人もわざわざ日本大使館に電話してくれて大丈夫と言われていたんですが。。） ただ、スポンサーの人とのオリエンテーションなどを終えてJ1のステータスが有効になってからでないとSSNの手続きはできなかったので、どのみちこのときには手続きは進められなかったと思われます。ラボの担当の方には勤務開始から1,2週間を目安に行くといいと言われました。 ②2回目の突撃 そこでDS2019の名前をLegal Nameに変更して出しなおしてもらい再挑戦しました。 ちなみにDSは結構名前や日付間違っていたりしてもビザ出ちゃうのでよく確認した方がいいそうです。再発行されたらホチキスでとめてくれて両方を常に持ち運んでます。 このときには上に書いたもの＋婚姻証明を求められました。 翻訳版はもっていったのですが、内部の翻訳者による翻訳をするとのことで 提出することはありませんでした。 最終的に全ての書類はコピーをとられて、古いSSN以外は現物が返ってきました。 翻訳にまわる時期によりますが運がよければ一週間、遅ければ1,2か月かかるとのことですので、 これから大人しく新しいカードの到着を待ちます（-人-）...

Chromeを開いてリンクをクリックしたらブラウズするかわりにhtmlをダウンロードしてしまうバグに遭遇。 フォーラムをみてみるとcacheを消すという対策方法が。 clear browsing dataを選択し上から4項目を1日分消しましたがなおらず。 ネットの海をさまよっていると https://dame3212.net/2015/12456.html こんな記事を発見し、Alt+クリックになってしまっているのでは！？というコメントが。 そこで、Bluetoothキーボードの設定を削除しつなぎなおしてみると無事なおりました。 Adobe内部でもショートカットのキー変換がおかしくなっていましたが、 ことえりの言語選択を何回か切り替えたら戻りました。 よかった！

_igraph.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so: undefined symbol:  もしくは undefined symbol: xmlStrEqual などのエラーがでて困った。 igraphを別でインストールして、pkg_config_pathやLD_LIBRARY_PATHを変えてもどうしても動かなった。 https://github.com/igraph/python-igraph/issues/122 ここからpre-compiled versionを使えばいけるかもと思い conda -c conda-forge python-igraph でいったところ無事動きました。

大混乱していたけど、コンテナを削除→イメージの削除が必要でした。 https://www.kabegiwablog.com/entry/2018/07/18/100000 今度はDocker composeも書いてみたい。

突然ですが結婚しました！ そして苗字の珍しさで負けたので、夫の姓にすることに話し合いで決まりました。 今まで名前と生年月日という情報をもとに個人が識別されていたのに、名前が変わるって大丈夫なの！？と思ったらやっぱり大変でした。 ということで、それに伴う名前変更作業などについて記録しておきます。 （これを参考にして何か問題が起きても責任はとれませんので悪しからず） 　 　 そもそも仕事での名前をどうするか？ 研究者にとって、今までの名前で検索して業績がひっかからないというのは致命的です。 私は一応生物系（？？？）の研究者なので基本的にPubmedを参照することが多いですが、 知り合いの研究者の名前をPubmedで検索してみると、論文誌によって保持される著者名情報が違うためミドルネームの情報ではヒットしない場合が多く、苗字の変更はクリティカルになります。 ↑ 姓名などについて詳しく条件づける検索方法は特にないようです 例えばHetta HaraさんがHetta Okaneさんになったとき こんなとき、名前をどうするかについては知り合いの（主に女性の）研究者の人たちをみるといくつかのパターンがありました。 旧姓のまま（Hetta Hara） メリット　当然楽 であり、今までの活動をまるっとそのまま引き継げる。 デメリット　戸籍名を強制する表記があったときに、それらを統合する術がない。また、その本人であることを証明することも難しくなる。税金関係や未確認だが卒業論文、証明などは戸籍名になるという説がある。パスポートも原則戸籍名です。 新姓に変更する（Hetta Okane） メリット　戸籍名と一致するため本人確認で身分証を必要するときにも問題なし デメリット　もしそれまでに研究活動をしていたらそれらを統合する術がない。医師免許や博士号などの名前と異なるので、証明が難しい。 ミドルネームに旧姓を入れる（Hetta Hara Okane） メリット　一応公式の名前は戸籍名と一致しており、旧姓の情報もわかるので親切な人であれば昔の論文も検索してくれるかもしれない。 デメリット　Pubmedの検索では名前とミドルネーム情報はイニシャルでしか含まれないことが多い（Pubmedの仕様なのか元の...

なのでOSをmojamojamojaveにあげました。 いろいろなソフトはいまのところわりと動いてくれていますが、BetterTouchTools, Karabiner, Dvorakが死にました。 BetterTouchToolsの問題 アクセシビリティの承認を一度外してから起動して、オーサライズを求められたらまたチェックを入れたら無事動いた。 Karabinerの問題 再インストール。 Dvorak用ローマ字テーブルの編集 https://discussionsjapan.apple.com/thread/110199833 /System/Library/Input\ Methods/JapaneseIM.app/Contents/PlugIns/JapaneseIM.appex/Contents/Resources/RomajiRule_Kotoeri.txt をsudo状態で直して、以下のコマンドをシェルでうつ。 defaults write com.apple.inputmethod.Kotoeri UseKotoeriRomajiRule -bool true && killall JapaneseIM

このポストがネ申（＞人＜） http://pj.freefaculty.org/blog/?p=315 環境変数の設定を忘れなければ通るはず...！ 追記：あとこれ！ http://matrafox.info/problem-with-ffmpeg-usrlocalliblibbz2-a-could-not-read-symbols-bad-value.html

anacondaとbrewで入れたxml2-configの衝突が原因らしい。 http://www.perfectlyrandom.org/2015/12/13/install-xml2-r-package-on-macos/ ということで、いろいろ試したけどどうしても動かず... /usr/localのパスを一番にしても which xml2-configを調べるとanacondaの方にリンクされて、 「なぜ...？？？」 となっていたら、.zshrcの中でanaconda環境をアクチベートしていたので 毎回anacondaのパスが一番先頭にきていたのでした。 activateしていない状態でインストールしたら、無事成功v(´∀｀*v)ﾋﾟｰｽ

Dvorak対応（caでかに変換とか）は /Systems/Library/Input Methods/JapaneseIM.app/Contents/PlugIns/JapaneseIM.appex/Contents/Resources/RomajiRule_Kotoeri.txt の書き換えではできなくなってしまったらしい。。 別のソフトを入れるか、とりあえずGoogle IMEを入れる。 改悪だなぁ...