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KEGG enrichmentをしようと

ここの再現をしようとしている。

参照:https://github.com/dgrapov/TeachingDemos/blob/master/Demos/Pathway%20Analysis/KEGG%20Pathway%20Enrichment.md

KEGGRESTのインストールの際に
依存するpngパッケージのインストールで
image not found
でpng.soがないと言われてコケた。

sourceを直接インストールしてもうまくいかず、
Mavericks向けのバイナリーを入れてやっと動いた。


readthedocs始めた

NGS関連や機械学習関連のtipsを、
自分の環境でMarkdownでまとめてうまくネット上にあげられないかな〜と思ったので、
始めてみました。

readthedocsはNGSのツールのwikiなんかでよく見てたんですが、
sphinxベースとは知らなかった。

https://github.com/carushi/resource
http://lambda-tips.readthedocs.io/en/latest/

よくあるMarkdownとは若干形式が違うんですが、
rst形式で書いたものをpythonベースのsphinxがhtml形式に直してくれます。

便利(๑´ڡ`๑)