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3月, 2013の投稿を表示しています

ヒートマップググラー

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あるプログラム言語で最も使用されているキーがよくわかるヒートマップ http://dailynewsagency.com/2011/09/09/most-pressed-keys-and-programming-syntaxes/ ヒートマップの検索をしていたら、別のものが引っかかってきました。 面白いですね。 やっぱりeの頻度って多いんだーとホームズの踊る人形を思い出しました。 そしてそして numpy pylab あたりの導入完了しました! Rよりグラフィックが綺麗かもしれない。。。 しれない。。。 試しに出してみた図を一部キャプションしてみました。 かっこいい...かもしれない。。。 なんたって、 colorbar(orientation='horizontal') でカラーバーが出せてしまうので、わかりやすいですね。 python自体がちょっと直感的でないところがあるので、そこは少しつまづきましたが。 リストの扱いとか特に。 (deepcopyを忘れてぜんぶ参照で同じ値になってたりとか) 文字列処理はRよりだいぶ速い気がしますね。 あとfor文回すのも圧倒的に速い。 figureをたくさん作るのは遅い(らしい)。

SciPyを使おう!

まだインストールはできてませんが...\(^o^)/ NumPyはいけたんですけど SciPyはswigのエラーて言われて 困ってportをあぷでしようとしたら selfupdate失敗! 困ってぐぐったらこちらがひっかかりました。 http://adhock.sakura.ne.jp/misyobun/?p=471 ひとまずupdateはなんとかなりそうですけど、 SciPyはいるかなぁ。 追記) 導入成功しました! こちらの方が少しは速いかな... 文字列処理しながらデータ出力をしてみたかったので、 試してみます!

RNA-seqで発現量の異なる遺伝子の比較

A comparison of methods for differential expression analysis of RNA-seq data C Soneson and M. Delorenzi. BMC Bininformatics. ・DESeq ・edgeR ・NBPSeq ・TSPM ・baySeq ・EBSeq ・NOISeq ・SAMseq ・ShrinkSeq ・limma ・voom(+limma) ・vst(+limma) こんなにあるのか...