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ヒートマップググラー

イメージ
あるプログラム言語で最も使用されているキーがよくわかるヒートマップ

http://dailynewsagency.com/2011/09/09/most-pressed-keys-and-programming-syntaxes/


ヒートマップの検索をしていたら、別のものが引っかかってきました。
面白いですね。
やっぱりeの頻度って多いんだーとホームズの踊る人形を思い出しました。




そしてそして

numpy
pylab

あたりの導入完了しました!


Rよりグラフィックが綺麗かもしれない。。。


しれない。。。


試しに出してみた図を一部キャプションしてみました。
かっこいい...かもしれない。。。

なんたって、
colorbar(orientation='horizontal')
でカラーバーが出せてしまうので、わかりやすいですね。
python自体がちょっと直感的でないところがあるので、そこは少しつまづきましたが。
リストの扱いとか特に。
(deepcopyを忘れてぜんぶ参照で同じ値になってたりとか)



文字列処理はRよりだいぶ速い気がしますね。
あとfor文回すのも圧倒的に速い。
figureをたくさん作るのは遅い(らしい)。

SciPyを使おう!

まだインストールはできてませんが...\(^o^)/

NumPyはいけたんですけど SciPyはswigのエラーて言われて
困ってportをあぷでしようとしたら selfupdate失敗! 困ってぐぐったらこちらがひっかかりました。

http://adhock.sakura.ne.jp/misyobun/?p=471
ひとまずupdateはなんとかなりそうですけど、 SciPyはいるかなぁ。


追記)
導入成功しました!
こちらの方が少しは速いかな...
文字列処理しながらデータ出力をしてみたかったので、
試してみます!

RNA-seqで発現量の異なる遺伝子の比較

A comparison of methods for differential expression analysis of RNA-seq data
C Soneson and M. Delorenzi.

BMC Bininformatics.


・DESeq
・edgeR
・NBPSeq
・TSPM
・baySeq
・EBSeq
・NOISeq
・SAMseq
・ShrinkSeq
・limma
・voom(+limma)
・vst(+limma)

こんなにあるのか...